已经备案的刑事案件过了追诉期，一般应当撤销案件，不起诉，终止审理或者宣告无罪。以下是对此问题的详细分析：

一. 追诉期的法律规定

根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪经过一定的期限后，将不再追诉。具体期限根据犯罪的法定最高刑来确定：

1. 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；
2. 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；
3. 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年；
4. 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

二. 超过追诉期的处理

一旦刑事案件立案后超过相应的追诉期，且没有特殊情况（如逃避侦查或审判，或被害人在追诉期限内提出控告而相关机关未予立案等），则应当依法对案件作出撤销、不起诉、终止审理或宣告无罪的处理。这是为了保障被告人的合法权益，避免长时间的无谓追究，同时也有利于节约司法资源，确保刑事司法的公正与效率。

三. 不同阶段的处理

1. 侦查阶段：如果公安机关在侦查过程中发现案件已过追诉期，应当撤销案件，终止侦查活动。

2. 审查起诉阶段：如果人民检察院在审查起诉过程中发现案件已过追诉期，应当作出不予起诉的决定，终止对犯罪嫌疑人的起诉程序。

3. 审判阶段：如果案件已经进入了审判阶段，法院在审理过程中发现案件已过追诉期，且没有《中华人民共和国刑法》第八十八条规定的例外情况，那么法院应当宣告被告人无罪。

四. 例外情况

虽然一般情况下超过追诉期的案件不再追究刑事责任，但《中华人民共和国刑法》第八十八条也规定了两种不受追诉期限限制的情况：

1. 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的；
2. 被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的。

在这两种情况下，即使案件已经超过了追诉期，仍然可以继续追究刑事责任。

我的观点：对于已经备案但超过追诉期的刑事案件，司法机关应当严格按照法律规定进行处理，确保刑事司法的公正与效率。同时，也需要注意特殊情况下的例外规定，以免错放罪犯。如有进一步需要，您可以继续咨询我。