两人共同运输香烟价值5-6万，香烟是否会被没收，需根据具体情况判断，但存在被没收的可能性。以下从不同角度进行分析：

一、法律对运输香烟的规定

根据《中华人民共和国烟草专卖法》及相关规定，运输烟草专卖品必须持有烟草专卖行政主管部门或者烟草专卖行政主管部门授权的机构签发的准运证。无准运证或者超过准运证规定的数量托运或自运烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，并可以按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品；情节严重的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。

二、运输香烟价值5-6万是否构成违法及没收条件

1. 无准运证运输：

   • 如果两人共同运输香烟价值5-6万，且未持有准运证，那么这种行为就构成了违法运输烟草专卖品。
   • 在此情况下，烟草专卖行政主管部门有权对违法运输的烟草专卖品进行没收，并可能处以罚款。

2. 持有准运证但超量运输：

   • 如果两人持有准运证，但运输的香烟数量超过了准运证规定的数量，同样构成违法运输。
   • 烟草专卖行政主管部门也会根据超量情况，对超量部分进行没收或罚款处理。

3. 运输假烟或走私烟：

   • 如果运输的香烟是假烟或走私烟，那么无论数量多少，都构成严重违法行为。
   • 在此情况下，不仅香烟会被没收，相关责任人还可能面临刑事处罚。

三、可能面临的法律后果

1. 没收香烟：

   • 对于无准运证或超量运输的香烟，烟草专卖行政主管部门有权进行没收。

2. 罚款：

   • 根据违法情节的严重程度，烟草专卖行政主管部门可能会对违法运输者处以罚款。

3. 刑事处罚：

   • 如果运输的香烟涉及假烟或走私烟，且情节严重，相关责任人可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。

四、建议与措施

1. 确保合法运输：

   • 在运输香烟前，务必确保持有有效的准运证，并严格按照准运证规定的数量进行运输。

2. 了解相关法律法规：

   • 运输者应了解并遵守《中华人民共和国烟草专卖法》及相关规定，避免因无知而违法。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果对运输香烟的法律规定存在疑问或遇到相关法律问题，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。