针对您提出的问题，即商铺合同是儿子的，但营业执照是别人的，现在别人不干了，如何取消该营业执照，以下是我的详细解答：

1. 明确法律关系与责任主体：

   • 首先，需要明确的是，商铺的租赁合同与营业执照的持有者是两个独立的法律关系。商铺合同是您儿子与房东之间签订的，而营业执照则是他人（可能是原经营者）在工商部门注册登记的。
   • 营业执照的取消（或注销）应由其持有者负责办理，与商铺的租赁合同无直接关联。但考虑到实际经营中可能存在的关联，如原经营者不再经营，您儿子作为实际使用者可能需要介入处理。

2. 营业执照注销的流程：

   • 联系原经营者：首先，应尝试联系原营业执照的持有者，要求其配合办理注销手续。这是最直接且合法的方式。
   • 若原经营者不配合：
     • 协商解决：可以尝试通过协商，如支付一定费用或达成其他协议，促使原经营者配合注销。
     • 法律途径：若协商无果，您可以考虑通过法律途径解决。例如，向法院提起诉讼，要求原经营者履行注销义务或赔偿因未注销而给您带来的损失。但需注意，此途径可能耗时较长且成本较高。
     • 行政投诉：向当地工商行政管理部门投诉，说明情况并请求协助处理。工商部门有权对未按规定注销营业执照的行为进行处罚，并可能协助您完成注销手续。

3. 商铺合同与营业执照的关联处理：

   • 修改合同：如果可能，您可以与房东协商修改商铺租赁合同，明确在营业执照注销或变更后的相关责任和义务。
   • 重新办理营业执照：若原营业执照无法注销或您希望以自己的名义经营，可以考虑在注销原营业执照后，以您或您儿子的名义重新办理营业执照。

4. 注意事项与风险防范：

   • 确保合法经营：在处理营业执照问题的过程中，务必确保您的经营行为符合法律法规要求，避免因无照经营而面临处罚。
   • 保留证据：在与原经营者协商、投诉或诉讼过程中，保留好相关证据，如沟通记录、合同文本、投诉材料等，以备不时之需。
   • 咨询专业人士：由于涉及法律程序和行政规定，建议在处理过程中咨询专业律师或工商代理人员的意见，以确保操作合法有效。

总结与建议：

• 针对您的情况，首先应尝试联系原营业执照的持有者要求其配合注销。
• 若无法联系或原经营者不配合，可考虑通过协商、法律途径或行政投诉等方式解决。
• 同时，关注商铺合同与营业执照的关联处理，确保合法经营并防范潜在风险。

如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。