哥俩私下签订关于宅基地分割的协议，在经过村集体扣章的情况下，其有效性需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、协议有效的情形
主体适格且内容合法：
- 当签订协议的双方均为具有相应民事行为能力的宅基地相关权益人时，这是协议有效的基础条件之一。这意味着双方能够清晰理解协议内容，并对自己的行为承担法律责任。
- 协议内容必须不违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。例如，对宅基地的边界划分作出明确且合法的约定，避免日后因边界不清产生新的纠纷；对宅基地的使用方式，如是否可以用于建造房屋、养殖家畜等作出合理合法的约定。
- 在这种情况下，如果村集体扣章确认了协议的效力，那么该协议通常是有效的，对双方具有法律约束力，双方都应当按照协议约定履行各自的义务。
村集体扣章的确认作用：
- 村集体作为宅基地的管理者，其扣章行为可以视为对协议内容的认可和确认。这在一定程度上增强了协议的法律效力，使得协议在履行过程中更具可操作性和执行力。
二、协议无效的情形
存在违法违规情形：
- 若协议内容涉及违反宅基地管理相关法律法规，那么协议就是无效的。例如，擅自改变宅基地用途，将原本用于居住的宅基地用于商业经营；或者将宅基地非法转让给非本集体经济组织成员。
- 在这种情况下，即使村集体扣章，也不能改变协议无效的事实。因为违法违规的协议内容本身就不具备法律效力，村集体的扣章行为无法使其合法化。
村集体扣章的局限性：
- 村集体扣章虽然可以视为对协议内容的认可，但并不能完全保证协议的法律效力。如果协议内容本身存在违法违规情形，那么村集体的扣章行为也无法使其成为有效协议。
三、法律建议
在签订协议前：
- 双方应充分了解宅基地的相关法律法规，确保协议内容合法合规。
- 可以咨询专业律师或法律机构，对协议内容进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
在签订协议后：
- 如果协议内容合法合规，且村集体已经扣章确认，那么双方应按照协议约定履行各自的义务。
- 如果协议内容存在违法违规情形，或者村集体拒绝扣章确认，那么双方应及时协商修改协议内容或解除协议，以避免不必要的法律纠纷。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。