住院后医生让签自费协议书，在合法、公平、透明的基础上制定且不违反相关法律法规的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：

合法性基础

1. 医疗服务的特殊性：医疗服务具有其特殊性，医院在提供服务时，可能会涉及到一些自费项目，如特殊药品、高端检查等。这些项目往往不在医保报销范围内，因此医院会与患者签订自费协议书，明确双方的权利和义务。

2. 患者的自主选择：患者有权根据自己的经济状况和医疗需求，选择是否接受自费项目。医院在提供自费项目时，应当尊重患者的选择权，并明确告知患者相关费用及风险。

合法性的具体条件

1. 合法、公平、透明：自费协议书应当在合法、公平、透明的基础上制定。这意味着协议内容应当符合相关法律法规的规定，不得存在欺诈、胁迫等违法行为。同时，协议条款应当清晰明了，让患者能够充分理解并自愿签署。

2. 不违反相关法律法规：自费协议书的内容不得违反《消费者权益保护法》、《医疗纠纷预防和处理条例》等相关法律法规。例如，协议中不得存在免除医院责任、加重患者负担等不公平条款。

3. 明确自费项目范围、价格、支付方式：自费协议书应当明确自费项目的范围、价格、支付方式等关键信息。这样可以让患者充分了解自费项目的具体情况，从而做出明智的选择。

可能的法律后果

1. 协议无效：如果医院在签署自费协议书过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或者协议内容违反相关法律法规的规定，那么该协议可能会被认定为无效。此时，患者有权要求医院承担相应的法律责任。

2. 医疗纠纷：如果因为自费项目引发医疗纠纷，患者可以根据自费协议书的内容以及相关法律法规的规定，维护自己的合法权益。例如，如果医院未按照协议约定提供服务或者存在过错行为导致患者受损，患者可以要求医院承担赔偿责任。

建议

1. 仔细阅读协议内容：在签署自费协议书前，患者应当仔细阅读协议内容，确保自己充分理解并同意其中的条款。如果有任何疑问或者不明确的地方，应当及时向医院咨询并要求解释。

2. 保留相关证据：在签署自费协议书后，患者应当保留好相关证据，如协议书原件、缴费凭证等。这些证据在后续可能发生的医疗纠纷中具有重要的证明作用。

3. 及时咨询专业律师：如果因为自费项目引发医疗纠纷或者对自费协议书的内容存在疑问，患者可以及时咨询专业律师以获取法律帮助和支持。

作为魏杨律师，我专注于合同纠纷、离婚等领域。如果您在住院过程中遇到了与自费协议书相关的法律问题或者有任何疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。