结论前置：
- 发现同事在自己水杯加不明液体，应立即采取措施保护自身安全并固定证据，此行为本身不会直接导致同事留有案底，但若经调查构成违法犯罪，则可能留下案底。
详细分析：
一、立即采取措施保护自身安全
- 停止饮用：一旦发现水杯中有不明液体，应立即停止饮用，并避免他人接触或误饮。
- 安全处理：将水杯妥善保管，避免破坏可能的证据，如液体痕迹、残留物等。
- 及时就医：如有身体不适或怀疑中毒，应立即就医，并告知医生可能摄入不明物质的情况。
二、固定证据并报警
- 收集证据：尽可能保留水杯、不明液体样本、现场照片或视频等证据，这些证据对于后续调查至关重要。
- 报警处理：立即向公司安保部门或当地公安机关报案，详细陈述事情经过，并提供所收集的证据。
- 配合调查：积极配合警方的调查工作，如实陈述事实，提供必要的协助。
三、关于“留有案底”的问题
- 案底定义：案底通常指的是个人因违法犯罪行为而被司法机关记录在案的档案。它反映了个人过去的违法犯罪历史。
- 行为性质：同事在自己水杯加不明液体的行为，可能涉及投毒、故意伤害等违法犯罪行为，但具体性质需根据调查结果确定。
- 案底形成：若经调查，同事的行为确实构成违法犯罪，并被司法机关依法处理（如拘留、罚款、判刑等），则可能留下案底。但若行为不构成违法犯罪，或虽构成但未被司法机关处理，则不会留下案底。
四、后续处理建议
- 关注身体状况：继续关注自己的身体状况，如有异常应及时就医并告知医生相关情况。
- 心理调适：此类事件可能对个人心理造成影响，建议寻求心理支持或咨询，以缓解压力和焦虑。
- 法律维权：若同事的行为给自己造成了损害（如身体伤害、财产损失等），可依法向同事或公司主张赔偿。
五、预防措施
- 提高警惕：在日常工作中，应提高警惕，注意保护个人物品和安全。
- 加强沟通：与同事保持良好的沟通关系，及时化解矛盾和误会，避免类似事件的发生。
- 完善制度：公司应完善相关管理制度和安全措施，如设置监控摄像头、加强安保巡查等，以营造安全的工作环境。
总结：发现同事在自己水杯加不明液体时，应立即采取措施保护自身安全并固定证据。此行为本身不会直接导致同事留有案底，但若经调查构成违法犯罪，则可能留下案底。建议及时报警并配合调查，同时关注自身身体状况和心理调适。如有需要，可依法向同事或公司主张赔偿。