以商铺抵押入股合作贷款，在符合法律规定和合同约定的前提下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
抵押权的设立：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债务人或者第三人有权处分的建筑物和其他土地附着物可以抵押。商铺作为不动产，其所有权人或有权处分人可以将其抵押给债权人，作为债务的担保。
- 抵押权的设立需要依法办理抵押登记，未经登记，不得对抗善意第三人。因此，若要将商铺抵押用于入股合作贷款，必须确保抵押权已经依法设立并登记。
入股合作贷款的合法性：
- 入股合作贷款本质上是一种融资方式，其中一方以商铺抵押作为出资或担保，另一方提供贷款资金。这种合作方式在法律上并不被禁止，但需要确保合作双方的意思表示真实、合法，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 合作双方应当签订书面合同，明确各自的权利和义务，包括抵押物的处置、贷款的偿还、利润的分配等。合同内容应当合法、有效，且不得损害国家、集体或第三人的利益。
二、实践角度
风险评估：
- 在以商铺抵押入股合作贷款时，需要对抵押物的价值进行准确评估，以确保其足以覆盖贷款金额及可能产生的利息、费用等。
- 同时，需要对合作方的信用状况、还款能力等进行全面评估，以降低贷款风险。
合同条款：
- 合同中应明确约定抵押物的保管、使用、处置等事项，以及贷款的具体用途、还款方式、期限等。
- 还应约定违约责任和争议解决方式，以便在合作过程中出现纠纷时能够及时、有效地解决。
三、注意事项
遵守法律法规：
- 在以商铺抵押入股合作贷款的过程中，必须严格遵守国家法律法规和监管政策，不得进行非法集资、高利贷等违法活动。
保护自身权益：
- 作为抵押人或贷款人，应充分了解自己的权利和义务，确保在合作过程中不受损害。
- 在签订合同时，应仔细阅读合同条款，确保合同内容符合自己的意愿和利益。
及时咨询专业人士：
- 由于涉及法律、金融等多个领域的知识，建议在操作过程中及时咨询律师、会计师等专业人士的意见，以确保合作的合法性和安全性。
建议您：在以商铺抵押入股合作贷款前，务必进行充分的法律和市场调研，确保合作方式的合法性和可行性。同时，签订详细的书面合同，明确双方的权利和义务，以降低合作风险。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。