工厂亏损并不直接影响部门领导的劳动法权益，但可能间接影响其工资、福利及劳动合同的履行，具体处理需依据劳动合同、公司规章制度及相关法律法规。以下从不同角度为您详细分析：
一、工资与福利
工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定的时间和标准支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。
- 若工厂因亏损而试图降低部门领导的工资，必须遵循法定程序：如与劳动者协商一致，并签订书面变更协议；或依据公司规章制度（该规章制度需经民主程序制定并公示）进行调整。未经劳动者同意，用人单位不得单方面降低工资。
福利待遇：
- 福利待遇包括但不限于年终奖、节日福利、社会保险等。这些待遇的提供通常依据劳动合同或公司规章制度。
- 工厂亏损不应成为剥夺或减少部门领导法定福利待遇的理由。如社会保险，用人单位必须依法为劳动者缴纳，否则将面临法律责任。
二、劳动合同的履行与变更
劳动合同的稳定性：
- 劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应严格履行。工厂亏损并不构成解除劳动合同的法定理由。
- 若工厂因亏损而需要裁员或调整部门结构，必须遵循《劳动合同法》的相关规定：如提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，才可以裁减人员。
劳动合同的变更：
- 若因工厂亏损需要变更部门领导的岗位、工作内容或工作地点等，应与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。
- 未经劳动者同意，用人单位不得单方面变更劳动合同内容，否则可能构成违法，劳动者有权要求继续履行原合同或主张赔偿。
三、可能的法律后果与建议
法律后果：
- 若工厂因亏损而违反劳动法规定，如拖欠工资、未依法缴纳社会保险等，部门领导有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位承担法律责任。
- 用人单位可能面临的法律责任包括补发工资、支付经济补偿金、赔偿金等。
建议：
- 作为部门领导，应密切关注工厂的经营状况及劳动合同履行情况。若发现用人单位有违法违规行为，应及时收集证据并寻求法律帮助。
- 在与用人单位沟通时，应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。避免采取过激行为导致矛盾升级。
工厂亏损并不直接决定部门领导的劳动法权益，但可能通过影响工厂的经营决策而间接影响其工资、福利及劳动合同的履行。作为部门领导，应了解自己的权益并依法维护。若遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。