结论：在单项分包劳动协议无公司盖章、工程已完成但未结算，且协议单价发生纠纷的情况下，能否按建筑定额结算，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析。
一、协议效力与单价约定
协议效力：
- 若单项分包劳动协议虽无公司盖章，但双方（即分包方与承包方或发包方）已实际履行，且工程已完成，该协议可能被视为成立并生效。根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。但在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同也成立。
- 若协议因无公司盖章且未得到公司认可而被视为未成立或无效，则协议中的单价约定自然无效。
单价约定：
- 若协议中明确约定了单价，且该单价合法有效，则双方应按照协议约定的单价进行结算。
- 若协议中未约定单价或单价约定不明确，则双方可能需要根据市场行情、工程实际情况等因素进行协商确定单价。
二、建筑定额的适用性
建筑定额的定义：
- 建筑定额是指在正常施工条件下，完成一定计量单位合格建筑产品所消耗的人工、材料、机械台班等数量的标准。它通常用于工程预算、结算和造价控制等方面。
建筑定额的适用条件：
- 建筑定额一般适用于没有特殊约定或市场行情不明确的情况下，作为确定工程单价的参考依据。
- 若双方已明确约定了单价，且该单价合法有效，则无需再按建筑定额进行结算。
能否按建筑定额结算：
- 若协议无效或单价约定不明确：在协议无效或单价约定不明确的情况下，双方可以协商按建筑定额进行结算。但需注意，建筑定额仅作为参考依据，实际结算单价可能因工程实际情况、市场行情等因素而有所调整。
- 若协议有效且单价约定明确：在协议有效且单价约定明确的情况下，双方应按照协议约定的单价进行结算，无需再按建筑定额进行结算。若一方坚持按建筑定额结算，可能构成违约行为，需承担相应的法律责任。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 在签订单项分包劳动协议时，务必确保协议内容完整、明确，并加盖公司公章或合同专用章，以避免因协议无效或单价约定不明确而引发的纠纷。
- 若协议已签订但未盖章，且工程已完成但未结算，双方应尽快协商确定单价并签订补充协议，以明确双方的权利和义务。
- 若双方无法就单价达成一致意见，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
风险提示：
- 在未明确单价的情况下按建筑定额进行结算可能存在风险，因为建筑定额仅作为参考依据，实际结算单价可能因多种因素而有所调整。
- 若一方坚持按建筑定额结算而另一方不同意，可能引发纠纷并导致工程款支付延迟或无法支付等后果。
总结：在单项分包劳动协议无公司盖章、工程已完成但未结算，且协议单价发生纠纷的情况下，能否按建筑定额结算需视具体情况而定。建议双方尽快协商确定单价并签订补充协议以明确双方的权利和义务；若无法协商一致，可以考虑通过法律途径解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。