工厂离职要扣三天工资，一般是不合法的，但具体也要分情况来看。以下从不同角度为你详细分析：
正常离职流程下：
- 如果劳动者按照正常流程办理离职手续，比如提前通知了用人单位，并完成了工作交接等，那么用人单位无故扣三天工资就是不合法的。在这种情况下，劳动者有权与用人单位协商，要求其足额支付工资。如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
未提前通知离职且造成损失：
- 如果劳动者没有提前通知用人单位就擅自离职，并且给用人单位造成了实际损失，那么用人单位可以要求劳动者赔偿相应损失。根据《工资支付暂行规定》第十六条，经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。在这种情况下，如果扣除的工资合理且符合法律规定，那么是有可能的。但需要注意的是，扣除三天工资是否合理，需要看具体造成的损失以及扣除后的工资是否满足最低工资标准等条件。
劳动合同中有特殊约定：
- 如果双方在劳动合同中有关于离职扣工资的特殊约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行。但如果该约定明显不合理，比如过高或缺乏合理依据，劳动者也可以通过法律途径争取权益。例如，如果劳动合同中约定离职时扣除三天工资作为违约金，但这一约定并未在劳动合同法规定的范围内（如服务期违约金、竞业限制违约金等），那么这一约定可能是无效的。
用人单位管理制度：
- 如果用人单位以离职扣三天工资作为一种管理制度，并且该制度经过民主程序制定、向劳动者公示告知，同时内容合法合理，那么在符合制度规定的情形下扣除工资可能是被认可的。但这一制度必须符合法律法规的规定，不能侵犯劳动者的合法权益。例如，如果制度规定未经许可擅离工作岗位的员工需扣除相应天数的薪资，但这一规定并未在劳动合同中明确，且未经过民主程序制定和公示告知，那么这一制度可能是无效的。
法律建议：
- 在离职时，劳动者应确保自己按照正常流程办理离职手续，并保留好相关证据，如离职申请、工作交接单等。
- 如果用人单位无故扣工资，劳动者应先与用人单位协商，要求其足额支付工资。
- 如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在整个过程中，劳动者应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。
可能后果：
- 如果用人单位无故扣工资且劳动者通过法律途径维权成功，用人单位可能需要支付拖欠的工资以及可能的赔偿金。
- 如果用人单位的扣工资行为被认定为违法，还可能面临劳动监察部门的处罚。
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