针对您提出的“单位能否指导正在发病期的精神病患者申请辞职”的问题，这实际上涉及到了劳动法律中关于员工患病期间劳动合同处理的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律背景与原则

首先，我们需要明确的是，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在患病或非因工负伤的医疗期内，用人单位通常不得解除劳动合同。这一原则旨在保护患病员工的合法权益，确保他们在治疗期间能够得到必要的医疗和生活保障。

二、正在发病期的精神病患者情况分析

对于正在发病期的精神病患者，他们处于需要医疗和照顾的特殊状态。在此期间，如果单位指导或要求患者申请辞职，可能会违反上述法律原则，损害患者的合法权益。因为：

1. 医疗期保护：精神病患者同样享有医疗期的保护，单位在医疗期内不得随意解除劳动合同。
2. 工作能力评估：在发病期，患者的工作能力可能受到严重影响，无法正常履行工作职责。但这并不意味着他们应该被要求辞职，而是需要单位根据实际情况进行合理的工作安排或调整。
3. 法定程序要求：即使医疗期满后，单位想要解除劳动合同，也需要遵循法定程序，如提前通知、支付经济补偿金等。

三、单位应如何处理

针对正在发病期的精神病患者，单位应采取以下措施：

1. 提供医疗支持：协助患者及时就医，确保他们得到必要的治疗。
2. 合理调整工作：根据患者的实际情况，合理调整其工作岗位或工作内容，以减轻其工作压力。
3. 遵守法律程序：如果医疗期满后，患者确实无法胜任原工作或新安排的工作，单位应遵循法定程序解除劳动合同，并支付相应的经济补偿金。
4. 避免不当指导：单位不应指导或要求正在发病期的精神病患者申请辞职，以免违反法律规定并损害患者权益。

四、总结与建议

综上所述，单位不能指导正在发病期的精神病患者申请辞职。相反，单位应提供必要的医疗支持和工作调整，确保患者得到妥善的照顾和安排。如果医疗期满后患者确实无法胜任工作，单位应遵循法定程序解除劳动合同。在实际操作中，建议单位及时咨询专业法律人士，以确保处理的合法性和合规性。