商家通过微信办理入住手续本身并不违法。具体分析如下：

在法律层面，并没有明确规定商家办理入住手续的具体方式或渠道。微信作为一种通讯工具，被广泛用于各种商业活动中，包括办理入住手续。因此，商家使用微信来办理入住手续，只要其过程中不涉及违法行为（如欺诈、侵犯个人隐私等），就是合法的。

然而，值得注意的是，商家在使用微信办理入住手续时，应确保遵守相关法律法规，如《消费者权益保护法》、《个人信息保护法》等，确保消费者的合法权益得到保护。例如，商家应明确告知消费者入住手续的具体流程、所需材料，以及如何保护消费者的个人信息等。

此外，如果商家在微信办理入住手续过程中，存在违法违规行为，如未经消费者同意收集、使用其个人信息，或者存在欺诈行为等，那么这种行为就是违法的，并可能面临相应的法律责任。

综上所述，商家通过微信办理入住手续本身并不违法，但应确保遵守相关法律法规，保护消费者的合法权益。如有任何疑问或纠纷，建议双方及时沟通并寻求法律途径解决。