已注册营业执照的店铺通过微信私下交易本身并不违法，但需满足一定条件并注意潜在的法律风险。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法性分析
交易主体合法：
- 店铺已注册营业执照，说明其具备合法的经营主体资格，这是进行交易的基础。
- 微信作为交易平台或沟通工具，本身并不决定交易的合法性，关键在于交易内容和方式是否符合法律法规。
交易内容合法：
- 交易的产品或服务必须合法，不得涉及违禁品、侵权商品或非法服务。
- 交易价格、数量等条款应明确、合理，不得存在欺诈、胁迫等不正当手段。
交易方式合法：
- 通过微信私下交易，应确保交易过程透明、可追溯，避免现金交易等难以查证的方式，以减少法律风险。
- 双方应保留好交易记录、聊天记录等证据，以备不时之需。
二、潜在法律风险及防范
税务风险：
- 私下交易可能涉及偷税漏税问题，尤其是当交易金额较大时。
- 防范建议：店铺应依法纳税，保留好相关税务凭证，避免税务纠纷。
合同风险：
- 微信交易往往缺乏正式的书面合同，一旦发生纠纷，可能面临举证困难的问题。
- 防范建议：尽量通过微信聊天记录明确交易条款，或签订电子合同，以保障双方权益。
消费者权益保护风险：
- 如果交易涉及消费者权益保护问题，如产品质量、售后服务等，店铺可能面临消费者投诉或法律诉讼。
- 防范建议：店铺应确保产品质量，提供完善的售后服务，积极处理消费者投诉。
反不正当竞争与反垄断风险：
- 如果店铺通过微信私下交易进行不正当竞争或垄断行为，如低价倾销、排挤竞争对手等，可能面临法律制裁。
- 防范建议：店铺应遵守市场竞争规则，避免不正当竞争和垄断行为。
三、特殊情况说明
- 如果店铺通过微信私下交易涉及跨境贸易：则需遵守海关、外汇管理等相关法律法规，确保交易合法合规。
- 如果店铺通过微信私下交易涉及特定行业或产品：如医疗器械、药品等，则需遵守相关行业的特殊规定和监管要求。
总结与建议：已注册营业执照的店铺通过微信私下交易本身并不违法，但需确保交易主体、内容和方式合法，并注意防范潜在的法律风险。建议店铺在交易过程中保留好相关证据，依法纳税，遵守市场竞争规则，以确保交易的安全和合法。如果你在交易过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。