当合作协议书中同时出现单价合同与专用条款中的总价包干约定，且两者产生冲突时，可按照以下步骤和原则处理：

一、审查合同整体条款与目的

1. 合同解释原则：首先，需审查合同的整体条款和目的，理解双方签订合同时的真实意图。合同中的各项条款应被视为一个整体，相互之间应具有协调性和一致性。
2. 优先顺序约定：若合同中有明确的解释条款、补充协议或优先顺序约定（如“本合同中，专用条款优于通用条款”等），则应依此解决冲突。

二、依据交易习惯与行业惯例判定

1. 交易习惯：在无明确约定的情况下，可参考交易习惯。即双方在长期交易过程中形成的、被普遍接受的做法或规则。
2. 行业惯例：同时，行业惯例也是一个重要的参考因素。不同行业可能有其特定的交易方式和价格确定机制，这些惯例在解决合同冲突时具有参考价值。

三、辅助证据确定真实合意

1. 磋商过程：参考合同签订时的磋商过程，包括双方的谈判记录、会议纪要等，以了解双方对价格的真实合意。
2. 往来函件与电子邮件：双方的往来函件、电子邮件等书面材料，也可能包含对价格约定的直接或间接证据，有助于确定双方的真实意图。

四、协商、调解与诉讼/仲裁

1. 协商与调解：若通过上述方法仍无法解决冲突，双方可尝试通过协商、调解等方式达成一致。这有助于维护双方的合作关系，避免不必要的法律纠纷。
2. 诉讼或仲裁：若协商、调解不成，则可依据法律规定向有管辖权的人民法院提起诉讼，或按照合同中的仲裁条款申请仲裁。由司法机关或仲裁机构根据具体情况作出裁决，是解决合同冲突的最终手段。

五、具体操作建议

1. 详细审查合同：首先，对合同进行详细审查，找出所有与价格相关的条款，并理解其含义和相互关系。
2. 收集证据：收集与价格约定相关的所有证据，包括磋商过程记录、往来函件、电子邮件等。
3. 寻求专业意见：在处理此类复杂合同冲突时，建议寻求专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，并协助制定解决方案。
4. 保持沟通：在整个处理过程中，保持与对方的沟通至关重要。通过沟通，可以更好地理解对方的立场和需求，从而寻求双方都能接受的解决方案。

示例说明：假设一份合作协议书中，通用条款约定了按照单价计算合同总价，而专用条款中却明确写明了总价包干。在这种情况下，首先应审查合同中是否有关于条款优先顺序的约定。若无约定，则可参考交易习惯和行业惯例。若仍无法确定，则需通过协商、调解或诉讼/仲裁等方式解决。在整个过程中，收集并保留所有与价格约定相关的证据至关重要。

最后需要强调的是，合同冲突的处理需要谨慎和细致。在处理此类问题时，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。