在处理格式合同协议书与专用条款矛盾时，应当优先适用专用条款的规定。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第四百九十八条：对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。
二. 具体分析
格式合同协议书与专用条款的性质：
- 格式合同协议书：通常是预先拟定并重复使用的，内容相对固定，不针对特定对象。
- 专用条款：针对特定合同或特定情况而制定的，内容更加具体、明确，往往用于补充或修改格式合同中的相关内容。
矛盾处理原则：
- 当格式合同协议书与专用条款发生矛盾时，由于专用条款是针对特定情况制定的，更能体现双方的真实意愿，因此应当优先适用专用条款。
- 这一原则也符合《民法典》中关于格式条款与非格式条款不一致时，应采用非格式条款的规定。
实际应用：
- 在实践中，如果格式合同协议书与专用条款存在矛盾，法院或仲裁机构在裁决时会优先考虑专用条款的内容。
- 例如，在房屋买卖合同中，如果格式合同中约定了房屋交付时间，但专用条款中对此进行了修改，那么应当按照专用条款中的时间来确定房屋交付时间。
三. 总结与建议
- 总结：在处理格式合同协议书与专用条款矛盾时，应明确专用条款的优先地位，这既符合法律规定，也更能体现双方的真实意愿。
- 建议：在签订合同时，双方应仔细审查格式合同协议书与专用条款的内容，确保两者之间的一致性。如发现矛盾之处，应及时协商并明确优先适用的条款，以避免后续纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。