格式条款中的专用合同条款是可以修改的，但必须遵循合法、合规、公平合理原则，并需双方协商一致。以下是对这一问题的详细分析：

一、格式条款的修改基础

1. 双方协商一致：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条的规定，当事人协商一致，可以变更合同。这一规定同样适用于格式条款中的专用合同条款。只要双方当事人能够就合同内容的修改达成一致意见，就可以对格式条款进行修改。

2. 合法合规：

   • 修改后的格式条款不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。任何违法违规的修改都是无效的，甚至可能面临法律责任。

3. 遵循公平原则：

   • 格式条款的修改应遵循公平原则，确保双方的权利义务得到平衡。提供格式条款的一方在修改时，应避免不合理地免除或减轻其责任、加重对方责任、限制或排除对方主要权利。

二、格式条款修改的具体情形

1. 双方自愿协商修改：

   • 在合同履行过程中，如果双方认为原有格式条款中的专用合同条款需要修改，可以通过协商达成一致意见，并签订书面修改协议。这种修改方式是最直接、最有效的，能够确保双方的权利义务得到明确和保障。

2. 格式条款存在法定无效或可撤销情形：

   • 如果格式条款中的专用合同条款存在法定无效或可撤销情形，如提供格式条款一方不合理地免除或减轻其责任、加重对方责任、限制或排除对方主要权利等，受损害方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该条款。在这种情况下，格式条款中的专用合同条款实际上已经被修改或撤销。

三、格式条款修改的实操建议

1. 充分沟通协商：

   • 在修改格式条款中的专用合同条款前，双方应充分沟通并协商，确保修改内容得到双方的认可。这有助于减少后续争议和纠纷的发生。

2. 明确修改内容：

   • 修改后的条款应明确、具体，避免产生歧义或引发争议。双方应仔细审查修改内容，确保修改后的条款符合法律法规的规定和公平原则的要求。

3. 签订书面修改协议：

   • 为了确保修改内容的法律效力，双方应签订书面修改协议。书面协议应明确修改的内容、时间、方式等关键信息，并由双方签字或盖章确认。

4. 寻求法律帮助：

   • 如果在修改过程中遇到法律难题或争议点，双方可以寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，确保修改内容的合法性和有效性。

总结来说，格式条款中的专用合同条款是可以修改的，但必须遵循合法、合规、公平合理原则，并需双方协商一致。在实际操作中，双方应充分沟通协商、明确修改内容、签订书面修改协议，并在必要时寻求法律帮助。如果您在修改格式条款中的专用合同条款过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。