在项目经理承包制下，甲方支付的工程款原则上属于承包方（即项目经理或其代表的承包团队）的钱，但具体归属需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合同约定优先

• 核心依据：若项目经理与发包方（甲方）签订的承包合同中明确约定工程款归属（如“工程款支付至承包方指定账户”或“款项用于项目支出”），则按合同执行。
• 示例：合同约定“甲方支付的工程款需优先用于支付农民工工资及材料款”，则款项虽属承包方，但使用受限制。
• 法律支持：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。合同未约定时，才需依据法律规定或交易习惯处理。

2. 实际履行中的权属划分

• 承包方自主支配：若合同未限制款项用途，且承包方合法取得工程款，则款项归承包方所有，可用于偿还债务、分配利润等。
• 甲方监管权：实践中，甲方可能要求工程款专款专用（如通过共管账户），此时款项虽属承包方，但支取需经甲方同意。
• 风险点：若承包方将工程款挪作他用（如个人消费），可能构成违约，需承担赔偿责任。

3. 法律对工程款归属的特殊规定

• 农民工工资优先：根据《保障农民工工资支付条例》，工程款中应优先保障农民工工资，承包方不得截留。
• 税务合规：工程款需依法纳税，承包方需按收入性质缴纳增值税、企业所得税等，否则可能面临税务处罚。
• 破产情形：若承包方破产，工程款可能被纳入破产财产，按清偿顺序分配。

4. 项目经理与承包方的关系影响

• 内部责任：若项目经理是承包方员工或挂靠方，工程款归属承包方，项目经理仅负责管理，无权私分款项。
• 违法情形：若项目经理伪造合同、虚报工程量骗取工程款，可能构成合同诈骗罪，需承担刑事责任。

法律建议

1. 审查合同条款：签订承包合同时，明确工程款归属、支付方式及违约责任，避免歧义。
2. 规范资金使用：按合同约定或法律规定使用工程款，保留支付凭证，防范法律风险。
3. 及时解决纠纷：若甲方拖欠或扣留工程款，可依据合同起诉或申请仲裁，主张合法权益。

如有具体合同或纠纷细节，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供进一步分析。