在甲指分包合同中，分包方的工程款原则上应由总承包人（主承包方）直接支付给分包单位。这一安排是基于合同相对性原则及行业惯例，并受法律保护和约束。以下是对这一结论的详细解释：

1. 合同相对性原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条，依法成立的合同仅对缔约双方具有法律约束力。在甲指分包合同中，总承包人与分包单位之间的合同关系独立存在，因此分包单位的付款请求权通常针对总承包人，而非发包人（甲方）。

2. 总承包人的法定责任：

   • 《中华人民共和国建筑法》第二十九条明确规定，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，并对分包工程的质量、进度和安全承担连带责任。这隐含了总承包人对分包单位的管理义务，包括工程款的支付。

3. 实际操作中的支付模式：

   • 标准模式：总承包人收到发包人款项后，按分包合同约定支付分包单位。这是最常见的支付方式，确保资金流的合规性和清晰性。
   • 发包人代付模式：在某些情况下，发包人可能根据总承包人的指令直接向分包单位支付工程款。但这种模式需要三方书面确认，以避免重复计税或债务纠纷。
   • 背靠背条款：分包合同中可能约定“以总承包人收到发包人款项为前提”的支付条款。这虽然在一定程度上反映了资金流的实际情况，但也可能因发包人拖延付款而引发连锁诉讼。

4. 争议解决建议：

   • 在发生工程款支付争议时，应首先审查总承包合同与专业分包合同的付款条款，明确各方责任和义务。
   • 分包单位应保存好工程量确认单、验收报告等履约证据，以证明已履行合同义务。
   • 若总承包人拒付工程款，分包单位可依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定起诉追索工程款。在发包人代付模式中，若发包人未履行代付义务，分包单位仍需向总承包人主张权利，但可申请追加发包人为第三人参与诉讼。

综上所述，甲指分包合同中分包方的工程款应由总承包人直接支付。这一原则不仅符合合同相对性原则和法律规定，也是行业惯例和实际操作中的主流做法。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。