发包人与挂靠人之间在工程施工中是否建立了事实上的施工合同关系，需结合多个方面进行综合判定。以下是具体的分析要点：
合同主体的实际履行情况：
- 核查施工现场的实际管理、作业主体是否与施工合同中约定的施工单位一致。若实际施工主体并非合同约定的施工单位，而是挂靠人以被挂靠人名义进行施工，这是判断挂靠关系存在的重要线索。
- 例如，若发包人发现施工现场的项目经理、技术负责人等关键岗位人员并非被挂靠公司的正式员工，而是挂靠人自行派遣，这往往表明存在挂靠行为。
挂靠人与被挂靠人的关系：
- 审查挂靠人与被挂靠人之间是否存在产权联系、劳动关系或财务管理关系。若两者之间缺乏这些联系，而挂靠人却以被挂靠人名义进行施工，这进一步证实了挂靠关系的存在。
- 挂靠人通常自筹资金、自行组织施工、自主经营、自负盈亏，被挂靠人只收取管理费，不参与工程施工、管理，也不承担工程技术、质量和经济责任。这种情况也是判断挂靠关系的重要依据。
工程款项的支付与流向：
- 检查工程款是否直接支付给挂靠人或通过被挂靠人账户转付给挂靠人。若工程款支付路径异常，如以“委托支付”、“代付”等其他名义进行支付，或者仅是过账转付，这也可能表明存在挂靠行为。
- 例如，发包人若发现工程款并未直接支付给合同约定的施工单位，而是流向了其他账户，且无法合理解释，这往往与挂靠行为有关。
实际施工过程中的行为表现：
- 观察挂靠人在施工过程中的行为表现，如其是否以被挂靠人名义与发包人进行沟通、协商，是否直接提交施工资料、进度报告等。这些行为也是判断挂靠关系是否存在的辅助证据。
- 若挂靠人直接以被挂靠人名义与发包人进行工程价款、工期、质量等方面的协商，并直接提交施工资料，这通常表明挂靠人与发包人之间建立了事实上的施工合同关系。
综上所述，要判定发包人与挂靠人之间在工程施工中是否建立了事实上的施工合同关系，需综合考虑合同主体的实际履行情况、挂靠人与被挂靠人的关系、工程款项的支付与流向以及实际施工过程中的行为表现等多个方面。若这些方面均指向挂靠关系的存在，则可认定发包人与挂靠人之间建立了事实上的施工合同关系。我的观点是，在综合考量上述因素后，若能够形成完整的证据链，即可确认挂靠事实与施工合同关系的实际建立。如有进一步需要，您可以继续咨询我。