针对您提出的“公司未申请清运建筑垃圾怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规的详细解答：
首先，需要明确的是，如果公司（作为施工单位）未及时清运工程施工过程中产生的建筑垃圾，并因此造成了环境污染，那么根据《城市建筑垃圾管理规定》（建设部令第139号）第二十二条第一款的规定，该公司将面临行政处罚。
处罚内容：
责令限期改正：城市人民政府市容环境卫生主管部门会要求公司在规定的时间内完成建筑垃圾的清运工作，以消除环境污染。
给予警告：作为对违规行为的初步惩戒，主管部门会向公司发出警告，提醒其遵守相关法律法规。
处以罚款：根据违规的严重程度，公司将被处以5000元以上5万元以下的罚款。这一罚款范围旨在既对违规行为形成经济上的制约，又不过于严苛，以体现法律的公正性和合理性。
处罚流程：
立案：主管部门在发现公司涉嫌未及时清运建筑垃圾并造成环境污染的违法行为后，会进行审查并决定是否立案。
调查：立案后，主管部门会指定专人负责调查取证工作，包括亲临现场进行调查、全面客观地收集证据等。
审查：案件调查终结后，主管部门会对案件的违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行审查，并提出处理意见。
告知：在作出行政处罚决定前，主管部门会制作《行政处罚告知书》并送达公司，告知其拟作出的行政处罚事实、理由、依据及结果，并告知公司享有陈述、申辩的权利。
决定：主管部门会制作《行政处罚决定书》并在七日内送达公司，同时向公司当面宣读。
送达与执行：《行政处罚决定书》会按法律规定的方式送达公司，并监督公司在决定的期限内履行生效的行政处罚决定。
综上所述，如果公司未申请清运建筑垃圾并造成环境污染，将面临责令限期改正、给予警告以及处以5000元以上5万元以下罚款的行政处罚。因此，建议公司严格遵守相关法律法规，及时清运建筑垃圾，以维护良好的城市环境和自身形象。