药企是可以实行综合工时制的，但这一制度的实施需要遵循一定的法律法规，并经过相关部门的审批。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》第三十九条：该条款明确规定了企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，这为综合工时制的实施提供了法律依据。
原劳动部《关于印发〈关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法〉的通知》(劳部发〔1994〕503号)：该通知详细规定了企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批程序和管理要求，是药企申请实行综合工时制的重要参考。
二、审批流程与条件
申请与审批：药企如需实行综合工时制，需向当地人力资源和社会保障局提交申请，并附上相关岗位的工作性质、工作时间安排等材料。经审核符合条件的，相关部门会出具批复文件，同意企业实行综合工时制。
岗位范围：综合工时制通常适用于因生产特点或工作性质需要连续作业或集中休息的岗位。在药企中，这可能包括生产操作员、生产后勤、品管、仓储物流等岗位。但具体岗位范围需根据企业实际情况和审批部门的意见确定。
三、实施要求与注意事项
工作时间安排：实行综合工时制的职工，其平均日工作时间和综合计算周期内的工作天数应与法定标准工作时间基本相同。确因工作需要延长工作时间的，应严格执行《中华人民共和国劳动法》中关于加班程序、加班时间及加班费计算标准的规定。
职工休息休假权利：药企在实行综合工时制时，应确保职工享有足够的休息休假时间，保障其身心健康和工作效率。
公示与告知：药企应将审批部门的批复文件及企业实行综合工时制的申请向职工公示一定时间（如15个工作日），确保职工了解并同意相关安排。
四、实际案例
从提供的参考信息中，我们可以看到重庆市铜梁区人力资源和社会保障局和厦门市同安区人力资源和社会保障局都曾批复过药企（如重庆和平制药有限公司、恒美时代(厦门)生物医药科技有限公司）实行综合工时制的申请。这些案例表明，药企在符合法律法规和审批条件的前提下，是可以实行综合工时制的。
综上所述，药企在遵循相关法律法规、经过审批部门批准并满足一定条件的情况下，是可以实行综合工时制的。但企业在实施过程中应确保职工的休息休假权利得到保障，并严格遵守加班程序和加班费计算标准的规定。