在机动车交通事故责任纠纷中，当原告承担次要责任，被告承担主要责任时，保险公司的赔偿方式主要遵循以下原则和步骤：

一、赔偿原则

1. 责任比例分配：

   • 交通事故中，责任明确分为主要责任和次要责任，赔偿金额通常依照责任比例进行计算分配。
   • 主要责任方一般需承担大部分赔偿金额，如70%至90%；次要责任方则承担相对较少份额，如10%至40%。具体比例可能因案件实情和法律规定而有所调整。

2. 赔偿范围：

   • 赔偿范围广泛，包括医疗费用、误工损失、护理费用、残疾赔偿金、丧葬费、死亡赔偿金等。

二、保险公司赔偿步骤

1. 交强险赔偿：

   • 首先，由保险公司在机动车第三者责任强制保险（交强险）责任限额范围内予以赔偿。
   • 交强险的赔偿限额通常包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额。

2. 超出交强险限额的赔偿：

   • 如果赔偿金额超出交强险的赔偿限额，超出部分将按照责任比例由责任方自行承担。
   • 主要责任方需承担超出交强险限额部分的大部分赔偿，次要责任方则承担剩余部分。

3. 具体赔偿比例：

   • 机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故：
     • 机动车一方负主要责任的，通常承担80%的赔偿责任；负次要责任的，承担40%的赔偿责任。
   • 机动车与机动车之间发生交通事故：
     • 负主要责任的，通常承担70%的赔偿责任；负次要责任的，承担30%的赔偿责任。

三、特殊情况处理

1. 非机动车驾驶人、行人故意碰撞：

   • 如果交通事故的损失是由非机动车驾驶人、行人故意碰撞机动车造成的，机动车一方不承担赔偿责任。

2. 未参加交强险：

   • 如果机动车未参加交强险，由机动车方在该车应当投保的最低保险责任限额内予以赔偿。对超过最低保险责任限额的部分，按照责任比例进行赔偿。

四、实际操作建议

1. 及时通知保险公司：

   • 发生交通事故后，当事人应及时通知保险公司，并按照保险公司的要求提供相关证明和资料。

2. 保留证据：

   • 当事人应保留好与交通事故相关的所有证据，包括医疗费用发票、误工证明、护理费用证明等，以便在索赔时提供。

3. 协商或诉讼：

   • 如果双方对赔偿金额或责任比例有争议，可以通过协商或诉讼的方式解决。在诉讼过程中，法院将根据案件实情和法律规定作出判决。

综上所述，在机动车交通事故责任纠纷中，当原告承担次要责任，被告承担主要责任时，保险公司的赔偿方式主要遵循责任比例分配原则，并在交强险责任限额范围内先行赔偿。超出交强险限额的部分，将按照责任比例由责任方自行承担。