公司恶意书面警告，员工可以通过向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁的方式维权。具体分析如下：

一. 向劳动监察部门投诉

1. 法律依据：根据《劳动保障监察条例》第九条，劳动者认为用人单位侵犯其劳动保障合法权益的，有权向劳动保障行政部门投诉。
2. 投诉流程：员工需要准备相关证据，如恶意警告的信函、邮件等，详细陈述事实，并向当地劳动监察部门提交投诉申请。劳动监察部门将对此进行调查，并在规定时间内给出处理结果。

二. 提起劳动仲裁

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议，适用本法。恶意书面警告作为劳动合同履行过程中的一种争议，可以通过劳动仲裁解决。
2. 仲裁流程：
   • 申请：员工需准备仲裁申请书、身份证明、相关证据等材料，向当地劳动争议仲裁委员会提出申请。
   • 受理：仲裁委员会在收到申请后，将进行审查，符合受理条件的，将受理并通知申请人。
   • 开庭：仲裁庭将按照规定的程序进行开庭，听取双方当事人的陈述和辩论，审查证据。
   • 裁决：仲裁庭在查明事实的基础上，依法作出裁决。员工对裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

我建议，在维权过程中，员工应保留好所有与恶意警告相关的证据，如书面警告信、电子邮件、聊天记录等，以便在投诉或仲裁时能够证明自己的主张。同时，员工也可以考虑咨询专业的劳动法律师，以获取更具体的法律建议和支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。