纪委在处理三人贪污案件中，即使其中一人不承认，也会通过调查取证、审讯等方式，依据事实和证据来依法处理。以下是详细分析：
一. 调查取证
- 证据收集：纪委首先会进行全面、客观、公正的调查，收集与案件有关的一切证据，包括但不限于书证、物证、证人证言、视听资料等。这些证据将用于证明贪污行为的存在与否。
- 证据审查：收集到的证据会经过严格的审查，确保其真实性、合法性和关联性。只有经过审查确认的证据，才能作为定案的依据。
二. 审讯与辩驳
- 审讯过程：在审讯过程中，纪委会给予每个涉案人员充分陈述和辩驳的机会。对于不承认贪污的涉案人员，纪委会通过询问、质证等方式，进一步核实其陈述的真实性。
- 辩驳权利：涉案人员有权对指控进行辩驳，并提供有利于自己的证据。纪委会依法保障其辩驳权利，确保案件处理的公正性。
三. 依法处理
- 事实认定：纪委会根据调查取证和审讯结果，对案件事实进行认定。如果证据确凿，即使其中一人不承认，也不会影响对贪污行为的认定。
- 处理决定：根据认定的事实和相关法律法规，纪委会作出相应的处理决定，包括但不限于给予党纪处分、移送司法机关处理等。
四. 特殊情况的考虑
- 证据不足：如果经过调查取证和审讯，仍然无法获得确凿的证据来证明贪污行为的存在，那么纪委会依法作出证据不足的处理决定，不会随意定罪。
- 认罪态度：虽然其中一人不承认贪污，但如果其他涉案人员认罪态度良好，积极退赃等，这些情节也会在处理决定中予以考虑。
综上所述，纪委在处理三人贪污案件中，会严格依法办事，不会因为其中一人不承认而轻易放过或冤枉任何人。我建议涉案人员应积极配合纪委的调查工作，如实陈述事实，提供线索和证据，以便案件能够得到公正、合理的处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。