结论：在纪委调查商人指认行贿而官员拒不承认的情况下，处理方式需依据具体证据和法律规定进行，可能涉及进一步调查取证、审查证据合法性、考虑行贿与受贿的构成要件，以及可能的法律后果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
进一步调查取证：
- 纪委在接到商人指认行贿的举报后，会启动初步调查程序。若官员拒不承认，纪委需进一步收集证据，包括但不限于行贿人的陈述、受贿人的财务记录、相关交易记录、证人证言等。
- 调查过程中，纪委应确保所有证据的收集均符合法定程序，避免非法取证，以确保证据的合法性和有效性。
审查证据合法性：
- 在收集到一定证据后，纪委需对证据的合法性进行审查。若证据存在瑕疵或非法取证的情况，可能影响证据的采信，进而影响对官员的定罪。
- 合法性审查是确保案件公正处理的关键环节，也是保护官员合法权益的重要措施。
考虑行贿与受贿的构成要件：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，行贿罪和受贿罪的构成均需满足一定的要件，如行贿的故意、受贿的故意、行贿与受贿的对应关系等。
- 在官员拒不承认的情况下，纪委需结合收集到的证据，分析是否满足行贿罪和受贿罪的构成要件，以决定是否对官员提起公诉。
可能的法律后果：
- 若证据充分且满足行贿罪和受贿罪的构成要件，官员可能面临刑事指控和相应的刑罚，如有期徒刑、罚金等。
- 若证据不足或存在非法取证的情况，官员可能不会被定罪，甚至可能因非法取证而获得国家赔偿。
- 对于商人而言，若其指认行贿的行为被证实为虚假陈述，也可能面临诬告陷害等法律责任。
具体建议：
- 对于纪委而言，应继续深入调查，收集更多证据，确保案件处理的公正性和合法性。
- 对于官员而言，若确实未受贿，应积极配合调查，提供有利于自己的证据和线索，以维护自己的合法权益。
- 对于商人而言，应如实陈述事实，避免虚假陈述带来的法律责任。若确实存在行贿行为，应主动配合调查，争取从轻处理。
额外提醒：
- 在处理此类案件时，应严格遵守法定程序，确保所有当事人的合法权益得到保护。
- 若案件涉及复杂法律问题或证据收集困难，建议寻求专业律师的协助，以确保案件处理的准确性和有效性。
如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导。