三人共同贪污，其中两人被认定为违纪，这通常意味着这两人的行为虽然违反了纪律规定，但可能尚未达到刑事犯罪的程度。针对这种情况，以下是我根据相关法律知识和经验给出的详细解答：

1. 违纪与犯罪的区别：

   • 违纪通常指的是违反了单位、组织或行业的内部规定，这些规定可能涉及职业道德、工作纪律等方面，但不一定构成刑事犯罪。
   • 犯罪则是指违反了国家刑法的规定，需要承担刑事责任。

2. 处理方式：

   • 对于被认定为违纪的两人，单位或组织可能会依据内部规定给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职、开除等。
   • 如果这两人的行为涉嫌刑事犯罪，但经过调查后认为不构成犯罪，或者证据不足无法起诉，那么他们可能只会受到纪律处分，而不会面临刑事处罚。
   • 如果后续发现新的证据，或者两人的行为被进一步查实构成犯罪，那么他们可能会被依法追究刑事责任。

3. 对第三人的处理：

   • 对于三人共同贪污中的第三人，如果其也被认定参与了贪污行为，那么将根据其具体情节和证据情况，分别给予纪律处分或刑事追诉。
   • 如果第三人能够证明自己没有参与贪污行为，或者其行为不构成犯罪，那么他将不会受到任何处分或追诉。

4. 法律建议：

   • 对于被认定为违纪的两人来说，他们应该认真接受纪律处分，并反思自己的行为，避免再次违反纪律。
   • 如果两人对纪律处分有异议，可以通过合法途径提出申诉或复议。
   • 对于第三人来说，如果他认为自己没有参与贪污行为或行为不构成犯罪，应该积极配合调查，提供有利证据来证明自己。

综上所述，三人共同贪污中两人被认定为违纪，通常意味着这两人的行为违反了纪律规定但尚未构成刑事犯罪。单位或组织会依据内部规定给予相应的纪律处分，并根据后续情况决定是否追究刑事责任。如果你或你身边的人面临类似问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律帮助。