快递公司确实有配合农业行政执法部门的义务，但这一义务的具体范围和程度需依据相关法律法规及执法事项的具体性质来确定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律义务的基础
法律法规的普遍要求：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关行政法规，任何单位和个人都有义务配合行政机关的执法活动，这是公民和法人应尽的法律责任。快递公司作为法人实体，同样需要遵守这一规定。
特定领域的配合义务：
- 在农业行政执法领域，如果快递公司涉及与农业相关的物流活动（如运输农产品、农资等），则可能因特定执法事项而需要配合农业行政执法部门的调查、取证等工作。这种配合义务可能源于对农产品质量安全、农资市场监管等方面的法律规定。
二、配合义务的具体范围
提供必要信息：
- 快递公司可能需要提供与执法事项相关的物流信息，如运输记录、收发货人信息等，以协助农业行政执法部门查明事实。
协助调查取证：
- 在农业行政执法部门进行调查取证时，快递公司可能需要提供必要的协助，如允许执法人员查阅相关文件、记录等。
遵守执法指令：
- 如果农业行政执法部门发出停止运输、扣押货物等执法指令，快递公司有义务遵守，并不得阻碍执法活动的进行。
三、配合义务的限制与例外
合法性与合理性审查：
- 快递公司在配合农业行政执法部门时，有权对执法活动的合法性和合理性进行审查。如果认为执法活动存在违法或不合理之处，快递公司可以依法提出异议或拒绝配合。
保护商业秘密与个人信息：
- 在配合执法过程中，快递公司需要保护自身的商业秘密和客户的个人信息不受非法侵犯。如果农业行政执法部门要求提供的信息涉及商业秘密或个人信息，快递公司可以要求执法部门采取必要的保密措施。
四、法律后果与责任
不配合执法的法律后果：
- 如果快递公司拒绝配合农业行政执法部门的合法执法活动，可能面临行政处罚，如罚款、责令停业整顿等。同时，还可能因阻碍国家机关工作人员依法执行职务而承担刑事责任。
配合执法的法律保护：
- 快递公司在合法配合农业行政执法部门的过程中，如果因执行执法指令而遭受损失或引发纠纷，可以依法寻求法律保护，要求相关部门承担相应的法律责任。
建议：在实际操作中，快递公司应建立健全内部管理制度，明确配合农业行政执法部门的流程和责任人，确保在接到执法部门的配合要求时能够及时、有效地进行响应。同时，快递公司也应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和配合执法的能力。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。