结论：法院判的还款超过两年没有申请执行，银行一般不能直接基于合同条款扣债务人账户存款，但存在例外情况。

分析：

1. 执行时效问题：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。如果法院判决的还款期限已过，且债权人（如银行）未在二年内申请执行，那么该判决将不再具有强制执行力。这意味着，银行不能直接通过法律手段强制扣划债务人的账户存款。

2. 合同条款的效力：

   • 虽然银行与债务人之间可能签订了包含扣款条款的合同，但这些条款的效力受到法律限制。在判决失去强制执行力后，银行不能仅凭合同条款就扣划债务人的存款。因为合同的履行和执行需要遵循法律的强制性规定，不能违反法律的强制性规定。

3. 例外情况：

   • 债务人自愿履行：如果债务人自愿履行还款义务，那么银行当然可以接受还款，包括从债务人账户中扣款。但这种情况是基于债务人的自愿，而非银行的强制执行权。
   • 新的法律关系形成：如果银行与债务人之间形成了新的法律关系（如重新签订还款协议），并且该协议具有法律效力，那么银行可能根据新的协议扣款。但这种情况需要满足法律规定的条件，如双方意思表示真实、协议内容合法等。
   • 其他法律程序：在某些特殊情况下，如债务人涉嫌犯罪或存在其他违法行为，银行可能通过其他法律程序（如刑事附带民事诉讼）来追讨债务。但这种情况并不常见，且需要满足特定的法律条件。

建议：

• 对于银行而言，如果判决的还款期限已过且未申请执行，应尽快与债务人协商解决方案，如重新签订还款协议或采取其他合法手段追讨债务。
• 对于债务人而言，如果收到银行的扣款通知或面临其他法律纠纷，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施保护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您是银行方，且面临此类问题，建议尽快与债务人沟通，寻求和解或重新签订还款协议的可能性。
• 如果您是债务人方，且对银行的扣款行为有异议，建议立即咨询专业律师，了解自己的法律地位和可能的维权途径。

有问题可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出更详细的法律建议。