针对您提出的“运输公司停业整顿期间继续营业如何处理”的问题，这确实是一个涉及法律法规和行业规范的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当运输公司被责令停业整顿时，这通常意味着该公司在运营过程中存在严重违规行为，如违法超限运输等，已经对道路交通安全或市场秩序构成了威胁。因此，停业整顿是监管部门为了纠正企业违规行为、保障公共安全而采取的一种行政措施。
在停业整顿期间，运输公司必须严格遵守停业指令，不得继续营业。这是因为：
遵守法律法规：运输公司作为市场主体，必须遵守国家法律法规和行业规范。停业整顿是监管部门依法作出的行政决定，运输公司有义务执行。
保障公共安全：运输公司的违规行为可能对道路交通安全造成严重影响。在停业整顿期间继续营业，无疑会加剧这种风险，对公众安全构成威胁。
维护市场秩序：停业整顿也是为了维护市场秩序，防止违规企业通过不正当手段获取市场份额，损害其他合规企业的利益。
如果运输公司在停业整顿期间继续营业，将面临以下后果：
延长停业整顿期限：监管部门可能会根据企业的违规情况，决定延长其停业整顿期限，以进一步督促企业整改。
吊销经营许可证：对于情节严重、拒不整改的企业，监管部门有权依法吊销其道路运输经营许可证，取消其从事道路运输业务的资格。
法律责任追究：运输公司的违规行为还可能涉及法律责任追究，如罚款、刑事责任等。
针对此类情况，建议采取以下措施：
加强监管力度：监管部门应加强对运输公司的日常监管，及时发现并纠正企业的违规行为。
完善法律法规：进一步完善相关法律法规，明确停业整顿期间继续营业的法律责任和处罚措施。
提高企业合规意识：通过培训、宣传等方式，提高运输企业的合规意识和法律意识，促使其自觉遵守法律法规和行业规范。
综上所述，运输公司在停业整顿期间必须严格遵守停业指令，不得继续营业。否则，将面临延长停业整顿期限、吊销经营许可证以及法律责任追究等严重后果。希望这些解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。