针对运输企业停运整顿期间车辆私自运营的情况，交通部门将依法采取以下处理措施：

1. 立即查扣违法车辆
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，交通部门有权对未取得道路运输经营许可擅自从事运输的车辆进行查扣。即使企业处于停运整顿期，其名下车辆仍需严格遵守停运要求，私自运营属于”未经许可擅自从事道路运输经营”的违法行为，查扣是首要执法手段。

2. 对企业及直接责任人双重处罚

• 对企业处罚：依据《道路运输车辆动态监督管理办法》第三十八条，企业未有效执行停运整顿要求导致车辆违规运营的，可处3000-10000元罚款；若情节严重（如多次违规、造成安全事故等），可吊销道路运输经营许可证。
  
• 对直接责任人处罚：根据《安全生产法》第九十四条，企业主要负责人或直接负责的主管人员未履行安全生产管理职责的，可处上一年年收入30%-50%的罚款；构成犯罪的（如重大责任事故罪），依法追究刑事责任。

1. 延长整顿期或升级处罚措施
   若私自运营行为暴露企业整顿期间未落实整改要求（如未收回车辆证件、未安装监控设备等），交通部门可依据《道路运输条例》第七十条，将原定整顿期延长1-3个月，并要求企业重新提交整改方案；若企业拒不整改或整改无效，可直接吊销经营资质。

2. 信用惩戒与行业联动
   违规信息将录入”信用中国”平台，企业信用等级直接降为D级，限制参与招投标、政府补贴申请等；同时通报公安、市场监管等部门，实施联合惩戒（如限制高消费、限制企业变更登记等）。

实务建议：

• 企业应建立”车辆-驾驶员-调度”三级管控机制，停运期间收回所有车辆证件、拆除计价器等运营设备，并通过GPS监控平台实时锁定车辆位置。
  
• 若发现车辆被私自启用，需立即向交通部门报告并配合调查，主动提供整改证据（如整改通知书、车辆封存照片等），争取从轻处理。
  
• 涉及刑事风险的（如伪造公文、非法改装车辆等），需同步委托刑事律师介入，避免风险升级。
  

如有具体案件细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我将结合《行政处罚法》《安全生产法》等法规为您制定应对方案。