违反工程强制性建设标准的违法行为的处罚时效，应当自行为终了之日起计算。具体分析如下：
一、法律依据
根据《行政处罚法》（2021年修正）第三十六条的规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算”。这一条款明确了行政处罚的时效计算方式，特别是针对有连续或继续状态的违法行为。
二、违法建设行为的特殊性
对于违反规划许可、工程建设强制性标准进行建设、设计、施工的行为，因其带来的建设工程质量安全隐患和违反城乡规划的事实始终存在，应当认定其行为有继续状态。这意味着，此类违法行为的处罚时效并非从违法行为发生之日起计算，而是从行为终了之日起计算。这一认定得到了全国人大常委会法工委办公室的明确支持，其在《对关于违反规划许可、工程建设强制性标准建设、设计违法行为追诉时效有关问题的意见》中指出：“违反规划许可、工程建设强制性标准进行建设、设计、施工，因其带来的建设工程质量安全隐患和违反城乡规划的事实始终存在，应当认定其行为有继续状态，行政处罚追诉时效应当自纠正违法行为之日起计算”。
三、处罚时效的实际应用
行为终了之日的认定：对于违法建设行为，行为终了之日通常指的是违法建设行为完成之日，即建筑物或构筑物建成之日。然而，由于违法建设行为带来的安全隐患和违反规划的事实始终存在，因此，只要违法建设行为未得到纠正，其处罚时效就未开始计算。
处罚时效的延长：在违法建设行为得到纠正之前，行政处罚的时效是持续的。这意味着，即使违法行为发生在多年前，只要其未得到纠正，行政机关就有权对其进行处罚。这一规定有效防止了违法建设行为因时间推移而逃避法律制裁的情况。
纠正违法行为的义务：对于违法建设者而言，及时纠正违法行为是其应尽的义务。只有当违法行为得到纠正后，行政处罚的时效才开始计算。因此，违法建设者应尽快采取措施纠正违法行为，以避免可能的法律后果。
四、法律建议
严格遵守工程建设强制性标准：建设单位、设计单位和施工单位应严格遵守工程建设强制性标准，确保建设工程的合法性和安全性。
及时纠正违法行为：对于已发生的违法建设行为，相关责任单位应尽快采取措施进行纠正，以避免可能的法律后果。
加强法律意识和风险意识：各相关单位应加强法律意识和风险意识，了解并遵守相关法律法规，避免因违法行为而遭受法律制裁。
在实际操作中，如果遇到关于违反工程强制性建设标准的违法行为的处罚时效认定问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供准确的法律意见。