公司股东侵占公款后，公司股东通过一份决议将侵占公款作为民事案件处理，这一做法在法律上并不直接产生将刑事案件转为民事案件的效力。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律性质分析
股东侵占公款的法律性质：
- 股东侵占公款可能涉及职务侵占罪等刑事犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
民事案件与刑事案件的区分：
- 民事案件主要涉及平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等。
- 刑事案件则涉及犯罪行为，由国家公诉机关提起公诉，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
二、股东决议的效力
股东决议的权限：
- 股东决议是公司内部治理的一种方式，主要用于决定公司的重大事项，如选举董事、审议年度报告等。
- 股东决议通常不具有直接改变法律性质或法律效力的功能，特别是不能将刑事案件转为民事案件。
股东决议对侵占公款行为的处理：
- 股东决议可以决定对公司内部事务的处理方式，如要求侵占公款的股东返还财物、赔偿损失等。
- 但股东决议不能替代法律程序，不能阻止国家公诉机关对犯罪行为的追究。
三、法律建议
及时报案：
- 如果发现股东侵占公款的行为涉嫌犯罪，公司应及时向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查。
民事追偿：
- 在刑事诉讼过程中或之后，公司可以通过民事诉讼的方式要求侵占公款的股东返还财物、赔偿损失等。
完善内部治理：
- 公司应完善内部治理结构，加强财务管理和监督，防止类似事件再次发生。
四、可能的法律后果
刑事责任：
- 如果股东侵占公款的行为构成犯罪，将面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、罚金等。
民事责任：
- 无论是否构成犯罪，侵占公款的股东都应承担民事责任，即返还财物、赔偿损失等。
公司治理风险：
- 如果公司未能妥善处理股东侵占公款的行为，可能引发公司治理风险，影响公司的声誉和正常运营。
综上所述，公司股东通过一份决议将侵占公款作为民事案件处理，并不能改变其可能涉及的刑事犯罪性质。公司应依法报案并追究相关责任人的法律责任，同时可以通过民事诉讼的方式要求赔偿损失。如果有任何进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。