低保户占永久基本农田建房是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
《土地管理法》的相关规定：
- 根据《土地管理法》，永久基本农田是受到严格保护的耕地，任何单位和个人不得擅自占用或改变其用途。
- 低保户作为农村村民，虽然享有宅基地使用权，但这一权利并不包括在永久基本农田上建房。
建房审批程序：
- 低保户建房必须遵循当地的宅基地管理办法和乡村建设规划，向相关部门提出建房申请，并经过审批获得宅基地使用许可、建房规划许可等相关证件。
- 在未获得审批文件的情况下擅自开工建设房屋，将严重违反土地管理和城乡规划的相关法律法规。
二、政策角度
农村宅基地政策：
- 农村宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其分配和使用受到严格管理。
- 低保户建房应使用经过合法审批的宅基地，而非永久基本农田。
耕地保护政策：
- 国家实行最严格的耕地保护制度，确保耕地数量不减少、质量不下降。
- 在永久基本农田上建房，将直接破坏耕地资源，违反耕地保护政策。
三、实际后果角度
违法建筑的认定与处理：
- 低保户在永久基本农田上建房，将被认定为违法建筑。
- 相关部门有权责令停止建设，并要求限期改正；逾期不改正的，可能面临拆除的风险。
法律责任与处罚：
- 违反土地管理和城乡规划法律法规的行为，将承担相应的法律责任。
- 除了拆除违法建筑外，还可能面临罚款、没收违法所得等处罚。
四、建议与措施
遵守法律法规：
- 低保户在决定建房之前，务必充分了解并遵守当地的建房政策、土地使用规定以及建房标准。
- 不要试图在永久基本农田或其他禁止建设的土地上建房。
咨询与申请：
- 在建房前，建议咨询当地相关部门或专业律师，了解具体的建房政策和审批程序。
- 按照规定的程序向相关部门提出建房申请，并等待审批结果。
加强监管与宣传：
- 相关部门应加强监管力度，及时发现并制止违法建房行为。
- 同时，加强宣传教育力度，提高公众的法律意识和耕地保护意识。
总结：低保户占永久基本农田建房是不合法的行为，将受到法律的制裁和处罚。因此，建议低保户在建房前务必了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保自己的建房行为合法合规。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。