结论前置：承包二次结构工程是否有质保金，需结合合同约定、法律规定及工程性质综合判断，具体分析如下：

1. 合同约定优先

若承包合同中明确约定了质保金条款（如比例、支付方式、返还条件等），则双方需按合同履行。例如：

• 合同约定“工程验收合格后留5%作为质保金，1年后无质量问题返还”，则承包方需遵守该约定。
  
• 若合同未提及质保金，但发包方事后要求扣留，承包方可拒绝，除非发包方能证明存在法定或约定依据。
  

法律依据：根据《民法典》第510条，合同未约定或约定不明时，可协议补充；无法达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。

2. 法律规定与行业惯例

• 建设工程领域：根据《建设工程质量保证金管理办法》，质保金通常为工程价款结算总额的3%，且最高不超过5%。但该办法主要针对房屋建筑和市政基础设施工程，二次结构工程（如砌体、构造柱等）是否适用需结合工程性质判断。
  
  • 若二次结构属于主体工程的一部分，可能适用质保金规定；
    
  • 若为独立分包工程，需看合同是否参照该办法执行。
    
• 其他领域：若二次结构承包不属于建设工程范畴（如装饰装修中的非承重结构），则可能不适用质保金规定，除非合同另有约定。

3. 质保金的合法性与合理性

• 合法性：发包方要求扣留质保金需有合法依据（合同或法律），否则可能构成违约。
  
• 合理性：即使合同约定质保金，比例和期限也需合理。例如，质保期过长（如超过2年）或比例过高（如超过5%），可能被认定为显失公平。

4. 实务建议

• 承包方：签订合同前明确质保金条款，避免模糊表述；验收后及时主张返还，保留无质量问题的证据。
  
• 发包方：合理设置质保金比例和期限，避免因条款不当引发纠纷。
  

总结：二次结构工程是否有质保金，核心看合同约定和工程性质。若合同无约定，发包方无权单方扣留；若有约定，需确保条款合法合理。如有具体合同或纠纷，可进一步提供细节，我将为您详细分析。