结论：招标中止公告发布两小时后发布新的招标文件，这一行为是否合法，需结合具体情况及招标相关法律法规进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法情形

1. 符合法定程序：

   • 若招标人在中止招标后，按照相关法律法规的规定，及时履行了通知所有潜在投标人的义务，并在合理时间内（如两小时后，若该时间符合相关规定或招标文件约定）发布了新的招标文件，且新的招标文件内容合法、合规，未损害潜在投标人的合法权益，则该行为可能是合法的。
   • 例如，在某些紧急情况下，招标人可能需要迅速调整招标条件或范围，此时在履行必要程序后快速发布新招标文件，可能是被允许的。

2. 招标文件有明确约定：

   • 如果招标文件在发布时已经明确约定了在中止招标后，招标人有权在特定时间内（如两小时后）发布新的招标文件，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么招标人按照约定执行就是合法的。

二、不合法情形

1. 违反法定程序：

   • 若招标人在中止招标后，未按照相关法律法规的规定履行通知义务，或者未在合理时间内发布新的招标文件，而是随意、无序地发布，可能构成违法。
   • 例如，招标人未提前通知所有潜在投标人中止招标的事由及后续安排，导致部分投标人因不知情而遭受损失，此时发布新招标文件的行为可能被视为违法。

2. 损害潜在投标人权益：

   • 如果新的招标文件内容存在不公平、不合理的条款，或者对潜在投标人设置了不合理的障碍，损害了潜在投标人的合法权益，那么该行为也是不合法的。
   • 例如，新的招标文件可能突然提高了投标资格要求，使得原本符合条件的投标人无法再参与投标，这种行为可能构成违法。

三、法律建议

• 对于招标人：在发布中止公告及新招标文件时，务必确保符合相关法律法规的规定，履行必要的通知义务，并确保新招标文件内容的合法性和合理性。
• 对于潜在投标人：若认为招标人的行为存在违法或不合理之处，可以及时向招标人提出异议，或者向相关监管部门投诉举报，以维护自身合法权益。

总结：招标中止公告发布两小时后发布新的招标文件是否合法，需根据具体情况及招标相关法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。