直接上级和HR签署的协议是否有效，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
1. 协议主体资格
- 有效情形：若直接上级和HR均获得公司明确授权（如书面授权书、公司章程规定等），且协议内容属于其职权范围（如员工调岗、薪资调整等），则协议有效。例如，公司授权HR签署劳动合同变更协议，且直接上级作为部门负责人参与协商，此时协议对双方具有约束力。
- 无效情形：若直接上级或HR未获授权，或超越职权范围签署协议（如直接上级擅自承诺员工晋升但无公司批准），则协议可能因主体不适格而无效。
2. 协议内容合法性
- 有效情形：协议内容符合法律法规（如《民法典》《劳动合同法》），未侵犯员工合法权益（如未违反最低工资标准、未强制加班等），则协议有效。例如，双方协商一致调整员工工作地点，并签订书面协议。
- 无效情形：若协议内容违法（如要求员工承担违法罚款、免除公司法定责任等），或存在欺诈、胁迫等情形，则协议无效。例如，HR以“不签协议就开除”威胁员工签署不平等条款。
3. 协议形式要求
- 有效情形：根据《民法典》规定，涉及重大权益的协议（如劳动合同变更、解除等）需采用书面形式。若直接上级和HR签署的协议为书面形式，且双方签字盖章，则符合形式要求。
- 无效情形：若协议为口头形式，或未签字盖章，则可能因形式不合法而无效。例如，仅通过邮件确认调岗，但未签署书面协议。
4. 公司内部程序
- 有效情形：若协议签署符合公司内部程序（如经工会同意、报备上级部门等），则协议效力更稳固。例如，公司规定调岗需经HR和部门负责人共同签署，并报备总部。
- 无效情形：若协议签署未履行内部程序（如未通知工会、未报备等），虽不直接导致协议无效，但可能引发后续纠纷。例如，公司以“程序瑕疵”为由否认协议效力。
法律建议
- 核查授权文件：要求直接上级和HR出示公司授权书或相关制度依据，确认其签署权限。
- 审查协议内容：仔细核对协议条款是否合法、合理，避免签署“霸王条款”。
- 保留书面证据：确保协议为书面形式，并由双方签字盖章，避免口头约定。
- 咨询专业意见：若对协议效力存疑，可向我咨询，我会结合具体条款和案例分析风险。
总结：直接上级和HR签署的协议是否有效，需综合主体资格、内容合法性、形式要求和内部程序判断。建议签署前谨慎核查，避免后续纠纷。如有疑问，可直接向我提问，我会为你提供专业解答。