您好，关于您提出的使用总店烟草专卖零售许可证在加盟店进行经营是否合法的问题，我可以明确地告诉您，这样做是不合法的。

首先，根据《烟草专卖许可证管理办法实施细则》第五十二条的规定，任何企业和个人都不得买卖、出租、出借或者以其他形式非法转让烟草专卖许可证。这意味着，您不能简单地使用总店的许可证来在加盟店进行经营，因为这相当于出借或许可证的行为，是违法的。

其次，从经营地址的角度来看，《烟草专卖许可证管理办法实施细则(试行)》第四十条规定，烟草专卖零售许可证的持证人应当在许可证核定的经营地址从事烟草制品零售业务。如果持证人在许可证核定的经营地址之外从事烟草制品零售业务，那么就属于无证经营。因此，即使您是总店的加盟店，如果未在许可证核定的地址内经营，也仍然是无证经营，会受到法律的处罚。

再者，对于连锁经营企业，根据《烟草专卖许可证管理办法》第十六条的规定，应当由各个分店分别向所在地烟草专卖局提出申请烟草专卖零售许可证。这意味着，每个分店都需要有自己的许可证，不能简单地使用总店的许可证。

综上所述，您不能使用总店的烟草专卖零售许可证在加盟店进行经营。如果您想在加盟店内销售卷烟，需要按照相关法律规定，向所在地烟草专卖局申请办理新的烟草专卖零售许可证。这样做既符合法律规定，也能确保您的经营行为合法合规。