辞职时公司收回劳动合同是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、劳动合同的持有权
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条的规定，劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。这一规定明确了劳动者在签订劳动合同后，有权持有一份合同文本，以便随时查阅和确认自己的权益和义务。因此，从法律层面讲，劳动者有权保留自己手中的劳动合同。
二、用人单位的合同保存义务与限制
虽然《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定，用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少应保存二年备查，但这并不意味着用人单位有权从劳动者手中收回劳动合同。用人单位的保存义务是独立的，不依赖于从劳动者手中收回合同。实际上，用人单位应通过其他方式（如电子存档、纸质备份等）来履行其保存义务，而不是侵犯劳动者的持有权。
三、公司收回劳动合同的可能目的与合法性分析
正常存档需求：从公司方面看，收回合同可能是为了满足存档管理等内部流程。然而，这种需求并不能成为侵犯劳动者持有权的理由。公司可以通过其他合法方式（如要求劳动者提供复印件、电子扫描件等）来满足其存档需求，而不必强行收回劳动者手中的原件。
不当企图违法：如果公司有其他不当目的，如掩盖劳动纠纷证据，这种行为则是不合法的。劳动合同是证明劳动关系的重要凭证，员工有权留存一份。若公司执意收回且不给员工，这就侵犯了员工的权益。
四、劳动者的应对措施与建议
明确拒绝：面对公司要求收回劳动合同的要求，劳动者应明确告知公司，根据法律规定自己有权持有劳动合同，公司无权收回。
向劳动监察部门投诉：如果公司强行收回劳动合同，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令公司改正其违法行为，并可能对公司处以罚款等处罚。
法律救济途径：在因公司收回劳动合同而导致自身权益受到侵害的情况下，劳动者可以通过申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼的方式，要求公司承担相应的法律责任。
五、特殊情况的处理
尽管一般情况下用人单位无权收回劳动者手中的劳动合同，但在某些特殊情况下，如劳动合同存在违法或违规内容需要调查或处理时，用人单位可以依法依规进行相关操作。然而，这些操作必须遵循法定程序，不能擅自进行，且必须确保劳动者的合法权益不受损害。例如，如果劳动合同中存在违反法律法规的条款，用人单位可以依法向劳动行政部门报告，并请求处理，但这并不意味着用人单位有权直接从劳动者手中收回合同。
总结与建议：
辞职时公司收回劳动合同是违法的行为。劳动者应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护自己的权益。如果遇到公司强行收回劳动合同的情况，劳动者应明确拒绝，并向劳动监察部门投诉或寻求法律救济途径。同时，劳动者也应保留好自己手中的劳动合同，以便在后续可能出现的劳动争议中作为关键证据使用。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。