在拆迁补偿协议纠纷中，被告通常是房屋征收部门，而非直接是政府。以下是对此问题的详细分析：

一、法律责任主体

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作，但具体的组织实施工作是由市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）来完成的。这意味着，在房屋拆迁过程中，房屋征收部门是直接承担法律责任的主体。

二、被告确定依据

1. 合同相对性原则：拆迁补偿协议是房屋征收部门与被拆迁人之间签订的，根据合同相对性原则，当协议发生纠纷时，合同的一方（即房屋征收部门）应当作为被告。

2. 法律责任承担：房屋征收部门在房屋拆迁过程中承担着具体的组织实施工作，包括与被拆迁人签订补偿协议、支付补偿款等。因此，当拆迁补偿协议发生纠纷时，房屋征收部门应当承担相应的法律责任。

三、特殊情况说明

虽然通常情况下被告是房屋征收部门，但也存在一些特殊情况。例如，如果政府直接参与了拆迁补偿协议的签订或履行过程，并且其行为与纠纷的发生有直接关系，那么政府也可能成为被告。然而，这种情况相对较少见，且需要具体分析政府的行为是否构成了对拆迁补偿协议的直接参与或干预。

四、法律建议

1. 审查协议主体：在签订拆迁补偿协议时，被拆迁人应当仔细审查协议的主体，确保与具有法律资格的房屋征收部门签订协议。

2. 保留证据：在拆迁过程中，被拆迁人应当保留好与拆迁相关的所有证据，包括拆迁补偿协议、支付凭证、房屋权属证明等，以备在发生纠纷时作为维权依据。

3. 及时维权：如果发生拆迁补偿协议纠纷，被拆迁人应当及时通过法律途径维护自己的合法权益，可以向房屋征收部门提出异议或向人民法院提起诉讼。

如有任何关于拆迁补偿协议或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。