可以申请确认人民调解协议无效，但在申请时是否需要列协议中的一方为第三人，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、申请确认人民调解协议无效的基本条件

根据《中华人民共和国人民调解法》及相关司法解释，当事人认为人民调解协议存在无效情形的，可以向人民法院申请确认调解协议无效。无效情形通常包括：

1. 违反法律、行政法规的强制性规定；
2. 违背公序良俗；
3. 双方恶意串通，损害国家、集体或第三人利益；
4. 以合法形式掩盖非法目的；
5. 调解组织或调解员存在违法行为，如偏袒一方、强迫调解等。

二、是否需要列协议一方为第三人

1. 若申请确认无效的理由仅涉及协议双方：

   • 例如，协议内容违反法律强制性规定，或双方恶意串通损害自身利益（但这种情况较为罕见，因为通常恶意串通会损害第三方利益），则无需列协议中的一方为第三人。
   • 此时，申请人可直接向法院提起诉讼，请求确认调解协议无效。

2. 若申请确认无效的理由涉及第三方利益：

   • 例如，协议内容损害了国家、集体或第三人的利益，或者调解过程中存在违法行为导致第三方受损，则可能需要列协议中的一方或双方为第三人，或者将受影响的第三方列为共同被告或第三人。
   • 这种情况下，列第三人的目的是为了更全面地审查协议效力，保护受影响方的合法权益。

三、实际操作建议

1. 分析无效情形：

   • 首先，明确调解协议无效的具体理由，判断该理由是否涉及第三方利益。

2. 咨询专业律师：

   • 由于法律程序复杂，且每个案件的具体情况不同，建议在申请确认调解协议无效前，咨询专业律师进行法律分析。
   • 律师可以根据案件事实，提供具体的法律建议，包括是否需要列第三人、如何准备证据材料等。

3. 准备证据材料：

   • 无论是否需要列第三人，申请人都需要准备充分的证据材料，以证明调解协议存在无效情形。
   • 证据材料可能包括调解协议原件、相关法律法规、证人证言、鉴定意见等。

4. 遵循法律程序：

   • 在申请确认调解协议无效时，应遵循法律程序，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
   • 法院将依法审查案件事实，作出是否确认调解协议无效的判决。

总结来说，申请确认人民调解协议无效时，是否需要列协议中的一方为第三人，取决于无效情形是否涉及第三方利益。在实际操作中，建议咨询专业律师进行法律分析，并准备充分的证据材料，以维护自身合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。