针对您提出的“工伤后不能确定劳动关系怎么办”这一问题，我理解您可能正面临工伤认定过程中的一个关键难题。下面，我将从法律角度和实际操作层面，为您提供一个清晰、详细、有深度的解答。
一、工伤认定机构在劳动关系确定中的职权
首先，根据《劳动法》第九条和《工伤保险条例》第五条、第十八条的规定，劳动行政部门（即社会保险行政部门）在工伤认定程序中，具有认定受到伤害的职工与企业之间是否存在劳动关系的职权。这意味着，在工伤认定过程中，如果劳动关系存在争议，工伤认定机构有权进行初步的判断和确认。
二、劳动关系不明确时的处理方式
提交证明材料：
- 在申请工伤认定时，您需要提交与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。这些材料可能包括但不限于：劳动、聘用合同文本复印件、工资支付记录、工作证、服务证、考勤记录、其他劳动者的证言等。
工伤认定机构的调查核实：
- 工伤认定机构在收到您的申请后，会根据您提供的材料进行初步审核。如果材料不完整或存在争议，工伤认定机构可能会进行进一步的调查核实，包括询问有关人员、查阅相关资料等。
中止工伤认定程序并告知仲裁或诉讼：
- 如果劳动关系争议较大、案件事实复杂，工伤认定机构可能会以劳动关系不明确为由作出《工伤认定中止决定书》，并告知您通过仲裁或诉讼程序先行确定劳动关系。这是因为在劳动关系存在严重争议的情况下，直接作出工伤认定决定可能缺乏充分的法律依据和事实支持。
三、实际操作建议
积极收集证据：
- 在申请工伤认定前，您应尽可能收集与用人单位存在劳动关系的证据。这些证据将有助于工伤认定机构更准确地判断劳动关系是否存在。
咨询专业律师：
- 如果您对劳动关系确定或工伤认定程序存在疑问，建议咨询专业律师。律师可以为您提供法律建议和指导，帮助您更好地维护自己的合法权益。
遵循法定程序：
- 在处理工伤认定和劳动关系确定问题时，请务必遵循法定程序。不要试图通过非法手段或途径来解决问题，以免给自己带来不必要的麻烦和损失。
保持耐心和信心：
- 工伤认定和劳动关系确定过程可能比较漫长和复杂，但请保持耐心和信心。只要您提供了充分的证据并遵循了法定程序，相信最终会得到一个公正、合理的处理结果。
综上所述，当工伤后不能确定劳动关系时，您应积极收集证据、咨询专业律师、遵循法定程序，并保持耐心和信心。希望这些建议能对您有所帮助。