自主择业的军队转业干部，其军龄在计算工龄时是可以被认定的。

分析说明：

1. 政策依据：

   • 根据《关于认真做好军队转业干部自主择业社会保险接续工作的通知》的相关规定，自主择业的军队转业干部在参加职工基本养老保险时，其服现役的年限（即军龄）依法与入伍前和退出现役后的缴费年限合并计算。这一政策明确规定了军龄在社保缴费年限（即工龄）计算中的视同作用。

2. 具体应用：

   • 养老保险：自主择业军队转业干部参加基本养老保险后，其军龄将被视同缴费年限，与实际在地方工作的缴费年限相加，作为计发养老金的依据。
   • 医疗保险：同样地，军龄也视同基本医疗保险的缴费年限，与实际缴费年限累计计算，达到当地规定标准后，退休后即可享受相应的医疗保险待遇。

3. 办理流程：

   • 自主择业的军队转业干部需要携带相关证明材料（如转业证明、身份证等）到当地社保经办机构办理军龄视同缴费年限的认定手续。经审核确认无误后，社保经办机构会将军龄计入个人的缴费年限中。

法律依据：

• 《关于认真做好军队转业干部自主择业社会保险接续工作的通知》明确规定了自主择业军队转业干部的军龄在计算社保缴费年限时的视同作用。
• 劳人险局[1982]16号、[63]中劳薪便字第260号、[61]中劳薪字第78号等文件也对复员、退伍军人的工龄计算问题作出了相关规定，强调了军龄在工龄计算中的重要性。

总结：

综上所述，自主择业的军队转业干部在计算工龄时，其军龄是可以被认定的，并且与实际缴费年限合并计算。这一政策确保了军队转业干部在转换职业身份后，其军旅生涯在社会保障方面得到应有的认可和接续。如有进一步需要，您可以继续咨询我。