国有土地上的房屋不能直接通过私下协议进行拆迁，但可以在符合公共利益、遵循法定程序的前提下，由房屋征收部门与被征收人就补偿事宜签订拆迁补偿协议。以下是对这一问题的详细分析：
协议拆迁的合法性及基础：
- 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，为保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益需要，国家可对国有土地上房屋进行征收，并与被征收人签订补偿协议。这表明，协议拆迁（实指拆迁补偿协议的签订）在国有土地上具有明确的法律依据。
协议拆迁的前提条件：
- 公共利益为导向：房屋征收必须基于公共利益需求，如国防、基础设施建设、公共事业、保障性住房、城市改造等。非公共利益目的的商业开发不能适用此程序。
- 严格遵循法定程序：征收前需进行项目论证、公众意见征求、社会稳定风险评估等；征收决定作出后应及时公告，并告知行政复议和行政诉讼权利。
协议拆迁的主体要求：
- 拆迁协议的一方必须是市、县级人民政府确定的房屋征收部门，另一方是被征收房屋的所有权人。双方主体均须符合法律规定，以确保协议的法律效力。
协议拆迁的内容规范：
- 补偿公平合理：补偿内容应确保被征收人得到充分补偿，包括货币补偿和房屋产权调换等方式，补偿金额应以房地产市场评估价格为基础确定。
- 条款详尽明确：协议中除补偿条款外，还应明确搬迁期限、过渡方式、过渡期限等其他重要事项，以保障拆迁工作的顺利进行和保护被征收人的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果一方不履行补偿协议约定的义务，另一方可以依法提起诉讼，要求对方履行协议或承担违约责任。
在实际操作中，如果面临国有土地上的房屋拆迁问题，建议被征收人：
- 仔细了解拆迁政策和程序，确保自己的权益得到充分保障。
- 与房屋征收部门进行充分沟通，就补偿事宜达成一致意见，并签订拆迁补偿协议。
- 如果对拆迁补偿协议有异议或认为自己的权益受到侵害，可以依法提起行政复议或行政诉讼，维护自己的合法权益。
总之，国有土地上的房屋拆迁是一个复杂而敏感的问题，需要遵循严格的法律程序和规定。如果您有任何关于征地拆迁的法律问题，欢迎直接向我咨询。