国有土地上房屋协议拆迁是有效的，但需满足特定条件。
法律依据明确：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，政府征收部门可以与被征收人就房屋拆迁补偿方面的事项达成协议。这包括补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积等关键事项。因此，协议拆迁在国有土地上具有明确的法律依据。
需满足公共利益：国有土地上的房屋拆迁必须基于公共利益需求，如国家安全、基础设施建设、公共事业、保障性住房、城市改造等。非公共利益目的的商业开发不能适用此程序。
遵循法定程序：拆迁协议的签订必须严格遵循法定程序。这包括项目论证、公众意见征求、社会稳定风险评估等前期工作，以及征收决定的公告、告知行政复议和行政诉讼权利等后续步骤。
主体适格性：拆迁协议的一方必须是市、县级人民政府确定的房屋征收部门，另一方是被征收房屋的所有权人。双方主体均须符合法律规定，以确保协议的法律效力。
补偿公平合理：拆迁协议中的补偿内容应确保被征收人得到充分补偿。补偿金额应以房地产市场评估价格为基础确定，并确保补偿方式、支付期限等条款的公平合理。
法律救济途径：如果双方在签约期限内无法达成补偿协议，或房屋所有权人不明确，房屋征收部门可以报请市、县级人民政府作出补偿决定。被征收人对补偿决定不服的，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。
综上所述，国有土地上房屋协议拆迁在满足特定条件的情况下是有效的。这些条件包括法律依据明确、满足公共利益、遵循法定程序、主体适格性、补偿公平合理以及提供法律救济途径。如果您在具体拆迁过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和支持。