面对员工被诈骗导致公司损失40万的情况，公司可以从以下几个角度来处理：
判断员工责任：
- 故意或重大过失：如果员工在诈骗过程中存在故意或重大过失，比如擅自转账且未核实收款方信息，或者未遵循公司规定的操作流程，导致公司被骗，那么员工可能需要承担一定的赔偿责任。公司可以根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，要求员工承担相应的赔偿责任。
- 无过错情况：如果员工已经按照公司规定和流程操作，尽到了合理的注意义务，但仍然被骗，那么员工通常不需要承担责任。此时，公司的损失应被视为因诈骗这一外部原因导致。
公司内部处理措施：
- 与员工协商：如果员工存在故意或重大过失，公司可以与员工协商赔偿金额和方式。在协商过程中，应考虑员工的过错程度、公司的实际损失以及员工的经济能力。
- 调整岗位或培训：根据情况，公司可以考虑调整员工的岗位，以避免未来类似事件的发生。同时，公司应组织防诈骗培训，提高员工的风险防范意识。
- 收集证据与内部调查：公司应及时收集所有与诈骗事件相关的证据，如聊天记录、转账记录等，为后续的法律行动提供依据。同时，进行深入的内部调查，了解诈骗的全过程，以便更好地采取应对措施。
采取法律措施：
- 追究诈骗分子的刑事责任：公司应立即向公安机关报案，并提供全面的证据，协助警方侦破案件，追究诈骗者的刑事责任。
- 通过民事诉讼要求赔偿：如果诈骗分子的财产不足以弥补公司的损失，或者公司希望通过其他民事责任主体（如协助诈骗的第三方）来主张赔偿权利，公司可以通过民事诉讼来要求赔偿。
- 员工赔偿责任的执行：如果依据法律规定和公司内部规章制度，员工需要承担赔偿责任，公司可以从员工的工资中扣除赔偿费用，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。
预防未来类似事件：
- 完善内部管理制度：公司应全面审查和完善业务流程、风险防控措施，堵塞管理漏洞。特别是对于涉及资金流转的重要岗位，应加强员工的背景调查和定期培训。
- 加强员工教育和培训：公司应定期开展防诈骗、风险防范培训，提高员工的法律意识和风险识别能力。可以邀请专业人员来讲解常见的诈骗手段和防范方法，并进行模拟演练。
- 停止损失扩大：一旦发现诈骗行为，公司应立即采取措施阻止进一步的损失，如冻结账户、追回资金等。
综上所述，面对员工被诈骗导致公司损失的情况，公司应首先明确员工的责任，采取内部处理措施，并积极运用法律武器维护自身权益。同时，通过完善内部管理和加强员工培训，构建长效防范机制，确保公司利益不受侵害。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请随时向我咨询。