针对您提出的“约定工资包含社保补贴和加班费是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和实际操作复杂性的问题。下面，我将从法律角度和实际操作层面，为您详细解答。
一、从法律角度分析
社保补贴的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《社会保险法》的相关规定，用人单位有义务为劳动者缴纳社会保险费，这是法定的强制性义务，不能通过约定来免除或替代。
- 因此，将社保补贴作为工资的一部分进行约定，并试图以此替代用人单位应缴纳的社会保险费，是不合法的。这种约定可能被视为用人单位逃避法定责任的行为，劳动者有权要求用人单位依法缴纳社会保险费。
加班费的合法性：
- 加班费是劳动者在超出正常工作时间后，因提供额外劳动而应获得的报酬。其计算基数和支付方式应遵循相关法律法规的规定。
- 虽然用人单位和劳动者可以在劳动合同中约定加班费的计算基数和支付方式，但这种约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，加班费的计算基数不得低于当地最低工资标准，且应确保劳动者在加班后能够获得相应的报酬。
- 如果劳动合同中约定工资包含加班费，但用人单位未实际支付或未足额支付加班费，或者约定的加班费计算方式不合理（如将本应计入正常工作时间工资的项目归入加班费中），那么这种约定可能被视为无效。劳动者有权要求用人单位按照法律法规的规定支付加班费。
二、从实际操作层面分析
社保补贴的实际情况：
- 在实际操作中，有些用人单位可能会以“社保补贴”的形式向劳动者支付一部分费用，并声称这部分费用可以替代社会保险费。然而，这种做法不仅不合法，而且可能给劳动者带来潜在的风险。例如，如果劳动者在发生工伤、疾病等需要社会保险保障的情况时，由于用人单位未依法缴纳社会保险费，劳动者可能无法获得相应的保障和赔偿。
加班费的实际情况：
- 对于加班费，用人单位应确保按照法律法规的规定进行计算和支付。如果劳动合同中约定了工资包含加班费，但用人单位在实际操作中未按照约定支付或支付方式不合理，劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
三、建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、社保和加班费等方面的约定。如果发现合同中有不合法或不合理的条款，应及时与用人单位沟通并要求修改。
- 在工作过程中，应保留好相关证据（如工资条、加班记录等），以便在发生争议时能够证明自己的权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守法律法规的规定，为劳动者依法缴纳社会保险费，并按照合理的计算方式支付加班费。
- 在与劳动者签订劳动合同时，应明确、合法地约定工资、社保和加班费等方面的条款，避免产生不必要的争议和风险。
综上所述，约定工资包含社保补贴和加班费在法律上可能存在不合法或不合理的情况。劳动者和用人单位都应严格遵守法律法规的规定，确保劳动关系的合法性和稳定性。