核心前提：用户与行政单位的下属事业单位签订了合同，但询问发票是否可以开给上级单位。
结论前置：
一般情况下，发票应开具给合同相对方：即与用户签订合同的下属事业单位。因为合同是双方意思表示一致的产物，发票作为交易凭证，通常应开具给合同中明确约定的交易方。
特殊情况下，若合同有明确约定或上级单位实际承担费用，可考虑开具给上级单位：但这种情况较为特殊，需要合同中有明确的约定，或者上级单位实际承担了合同项下的费用，并且双方（包括下属事业单位和上级单位）对此均无异议。
详细分析：
合同相对性原则：在合同法中，合同具有相对性，即合同的权利义务仅对合同双方产生约束力。因此，在一般情况下，发票应开具给与用户签订合同的下属事业单位，这是符合合同相对性原则的。
特殊约定的处理：如果合同中有明确的约定，或者双方（包括下属事业单位和上级单位）在合同履行过程中达成了新的协议，允许将发票开具给上级单位，那么在这种情况下，是可以考虑将发票开具给上级单位的。但需要注意的是，这种约定或协议应当是明确、无歧义的，并且应当符合相关法律法规的规定。
上级单位实际承担费用的情况：在某些情况下，上级单位可能实际承担了合同项下的费用。如果这种情况得到了下属事业单位和用户的认可，并且双方均无异议，那么也可以考虑将发票开具给上级单位。但同样需要注意的是，这种做法应当符合相关法律法规的规定，并且应当有充分的证据证明上级单位实际承担了费用。
建议：
在与行政单位的下属事业单位签订合同时，应明确约定发票的开具对象，以避免后续产生纠纷。
如果确实需要将发票开具给上级单位，建议在合同中明确约定，或者与下属事业单位和上级单位达成新的协议，并确保这种做法符合相关法律法规的规定。
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