针对您提出的“劳动法第39条如何申请特殊工时”的问题，我将为您详细解答申请特殊工时的流程和所需材料。
首先，根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如不定时工作制或综合计算工时工作制。
接下来，我们来看具体的申请流程和所需材料：
一、申请条件
企业需要满足以下条件之一，才能申请实行特殊工时制度：
不定时工作制：适用于因工作无法按标准工作时间衡量，劳动者对工时安排具有一定自主性的岗位，如高级管理人员、外勤人员、推销人员等；或因工作性质特殊、具有机动作业特点的岗位，如长途运输人员、出租汽车司机等。
综合计算工时工作制：适用于因工作性质特殊，在一定时间内必须连续作业（一般超过8小时）的岗位，如铁路、航空、远洋运输业以及生产工艺流程具有特殊性的化学、生物等行业的部分岗位；或受自然季节和自然条件限制，必须集中工作与集中休息的岗位，如旅游、建筑、勘探和农林牧渔生产加工行业企业的部分岗位。
二、申报材料
申请实行特殊工时制度时，企业需要准备以下材料：
实行不定时工作制或综合计算工时工作制的书面申请，内容应包括工资支付和保证劳动者休息休假的具体办法、劳动保护和安全卫生条件措施等；申报不定时工作制的应对岗位特征进行详细说明；申报综合计算工时工作制的应提供涉及岗位的工作安排计划。
《实行不定时工作制和综合计算工时工作制申请表》（具体表格名称可能因地区而异，但内容类似）。
营业执照副本及复印件。
法人代表身份证复印件。
职工代表大会（或职工大会）同意实行特殊工时制的决议，并附参会代表同意实行特殊工时制的签名册等。
书面劳动合同样本，签订了集体合同的需提供集体合同样本。
用人单位实行特殊工时制度期满再次申请的，应当书面报告前期执行情况。
三、办理程序
申请者持申报材料向当地政务服务中心“一窗受理窗口”提出申请。工作人员会对材料进行审核，材料齐全、符合法定形式的，会核验原件，收复印件，并开具签字盖章的《受理通知书》；对申请材料不齐全或不符合法定形式的，会当场告知申请人需补正的全部内容；对不符合申请条件的，不予受理，并告知不予受理理由。
县人社局政策法规股会对申请进行审核，并决定“同意”办理或“不同意”办理意见。
政务服务中心“一窗受理”窗口会通知申请人凭身份证明和“受理通知书”在县政务中心“一窗受理”窗口办结通知书上签字认可后，领取许可文件。
四、注意事项
许可期限届满前，如有需要应向许可机关重新提出申请。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时联系当地政务服务中心或人社局政策法规股。