针对您提出的“执法机关已经立案的发现管辖权有争议可以撤案么”这一问题，我的分析如下：

1. 结论前置：

   • 在执法机关已经立案的情况下，若发现管辖权存在争议，通常不会直接撤案，而是会根据相关法律规定和程序，通过协商、指定管辖或移送管辖等方式来解决管辖权争议。

2. 法律背景与解释：

   • 管辖权争议的处理原则：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，当两个或两个以上的行政机关对同一行政案件均认为有管辖权或均认为无管辖权时，应由它们的共同上一级行政机关指定管辖。这表明，在管辖权存在争议的情况下，法律更倾向于通过指定管辖来解决，而非直接撤案。
   • 撤案的条件与程序：撤案通常发生在案件不符合立案条件、证据不足或案件已处理完毕等情况下。在管辖权争议的情况下，撤案并不是解决争议的合法或适当方式。因为撤案可能意味着对案件的放弃或终止处理，而管辖权争议本身并不影响案件的实质内容或处理必要性。

3. 法律建议：

   • 及时沟通与协商：若执法机关在立案后发现管辖权存在争议，应首先与相关执法机关进行沟通与协商，尝试通过友好方式解决争议。
   • 申请指定管辖：若协商无果，可向共同上一级行政机关申请指定管辖。这是法律规定的解决管辖权争议的正式途径。
   • 遵循法律程序：在整个过程中，应严格遵循法律程序和规定，确保案件的合法、公正处理。

4. 可能的法律后果：

   • 若擅自撤案：可能导致案件处理不当或违法，进而引发法律责任和行政复议、行政诉讼等风险。
   • 若通过合法途径解决：则能确保案件的合法、公正处理，维护当事人的合法权益和法律的尊严。

综上所述，执法机关在已经立案的情况下发现管辖权有争议时，不应直接撤案，而应通过协商、指定管辖或移送管辖等合法途径来解决争议。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。