行政二审询问由法官助理询问是否合法，需结合具体情况分析：

1. 从法律规定角度：

   • 根据我国《行政诉讼法》及相关司法解释，二审法院在审理行政案件时，应当由审判员组成合议庭进行审理。法官助理作为审判人员的辅助人员，其职责主要是协助法官进行案件的审理工作，如整理案卷、准备庭审材料等，并不直接参与案件的审理和裁判。
   • 在二审询问环节，通常应当由合议庭的审判员进行询问，以确保询问的合法性和权威性。因此，从严格意义上讲，行政二审询问由法官助理单独进行询问，可能并不符合法律规定。

2. 从实际操作角度：

   • 然而，在实际操作中，由于案件数量多、审判资源有限等原因，法官助理可能会在法官的指导下参与一些询问工作。这种情况下，法官助理的询问行为应当被视为法官询问行为的一部分，且应当在法官的监督和指导下进行。
   • 如果法官助理在询问过程中严格遵守了法律规定和程序要求，且询问内容得到了法官的认可和确认，那么这种询问行为在某种程度上可以被视为合法的。但需要注意的是，这种合法性是基于法官的监督和指导，而非法官助理本身的独立询问权。

3. 从法律后果角度：

   • 如果行政二审询问由法官助理单独进行，且未得到法官的监督和指导，或者询问过程中存在违反法律规定和程序要求的情况，那么这种询问行为可能被视为无效或违法。
   • 在这种情况下，当事人有权向二审法院提出异议，并要求重新进行询问或采取其他补救措施。如果二审法院未予纠正，当事人还可以依法向上一级法院申请再审或向检察机关提出申诉。

综上所述： 行政二审询问由法官助理单独进行询问，在严格意义上可能并不符合法律规定。但在实际操作中，如果法官助理在法官的指导下参与询问工作，并严格遵守了法律规定和程序要求，那么这种询问行为在某种程度上可以被视为合法的。不过，为了确保询问的合法性和权威性，建议二审法院在审理行政案件时，尽量由审判员亲自进行询问。如果您对行政二审询问的合法性有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。